Em formação

Potenciadores em assinaturas específicas do tipo de célula


Eu estava lendo um artigo na natureza: Epigenômica: Roteiro para regulamentação e estava confuso com a definição e / ou interpretação dos potenciadores.

Os potenciadores são ativados por meio de interações com fatores de transcrição, que reconhecem e se ligam a sequências de DNA específicas na região do potenciador. Fatores de transcrição ligados recrutam co-reguladores, muitos dos quais depositam ou removem modificações nas histonas. [...] Potenciadores que são ativos em assinaturas epigenômicas específicas do tipo de célula são tipicamente altamente enriquecidos em sequências de DNA às quais se ligam fatores de transcrição dependentes de sinal e determinantes de linhagem.

Pelo que eu sei, os intensificadores são as sequências de DNA às quais os TFs se ligam e, em seguida, tudo, incluindo os complexos de coativadores, se ligam aos TFs basais no promotor.

Estou confuso com a última linha:

Intensificadores que são ativos em assinaturas epigenômicas específicas do tipo de célula são tipicamente altamente enriquecidos em sequências de DNA às quais se ligam fatores de transcrição dependentes de sinal e determinantes de linhagem.

Eles afirmam que nas sequências de DNA às quais os TFs se ligam, os intensificadores ativos são altamente enriquecidos. Para mim, parece estranho porque a definição de intensificadores diz que essas são as sequências de DNA às quais os FTs se ligam. E, claro, os intensificadores são enriquecidos ali, porque, de outra forma, não seriam chamados de intensificadores. Quanto a mim, eles estão tentando dizer que os intensificadores ativos (por definição os TFs se ligam a eles) são altamente enriquecidos na região dos intensificadores à qual os TFs se ligam.

Isso faz sentido ou não?


Você acertou em cheio o que são realçadores (o canadense também deu uma boa explicação, embora não tenha respondido a pergunta na minha opinião).

Para entender a declaração do autor, você primeiro precisa saber que:

  • Fatores de transcrição específicos de linhagem e dependentes de sinal são classes específicas de fatores de transcrição. Esses são TFs que requerem sinais externos para ativação.

  • Todos os intensificadores nem sempre estão acessíveis. Isso depende das marcas epigenéticas e, subsequentemente, da ligação das histonas ao redor dessas regiões. Se, por exemplo, um intensificador está em uma região de DNA fortemente empacotado (isto é, heterocromatina), ele não se ligará a quaisquer TFs e, portanto, não é ativo.

O que os autores tentaram transmitir é, em minha opinião, que os intensificadores ativos são altamente enriquecidos em sequências de DNA específicas para TFs dependentes de sinal. Em outros termos, a identidade da célula é dada por uma combinação de 1) regulação epigenética da expressão gênica por meio de a) um certo padrão de intensificadores ativos eb) estado de cromatina dos genes em conjunto com 2) fatores de transcrição dependentes de sinal.

Em resumo, isso significa que a identidade celular não é apenas descrita por TFs dependentes de sinal, mas também pelo padrão intensificador ativo. E isso, portanto, implica que alguém pode ser capaz para prever TFs necessários para determinar a identidade de uma célula específica conforme declarado na próxima frase:

Portanto, o delineamento do repertório de intensificador ativo de uma célula particular fornece um meio poderoso de prever os fatores de transcrição necessários para a identidade dessa célula.

Eu espero que isso ajude.


Enhancer é apenas um termo para uma região reguladora distante de um gene que contém locais específicos onde os fatores de transcrição se ligam. Acontece que um único intensificador pode conter locais de ligação de DNA para vários fatores de transcrição.

Por exemplo, um intensificador chamado TESCO, que regula um gene chamado SOX9 (envolvido na determinação do sexo) tem locais de ligação para muitas proteínas diferentes (confirmadas ou putativas): SRY, SF1, SOX9, ESR1, FOXL2 e provavelmente muitas outras que eu nunca ouvi falar. Isso permite uma regulamentação complexa de SOX9 através de interações proteína-proteína.


Assista o vídeo: Celletyper og virus (Janeiro 2022).