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Alternativas ao brometo de etídio para a coloração de pequenos ácidos nucléicos?


Embora o brometo de etídio funcione bem para a coloração de moléculas maiores de RNA de fita simples ou de DNA de fita dupla, ele não cora ácidos nucléicos menores muito bem. Observei que em torno de 20 bases e abaixo dos ácidos nucleicos de fita simples são difíceis de ver com a coloração com EtBr, a menos que os ácidos nucleicos sejam altamente concentrados.

Quais são as boas alternativas para observar pequenos ácidos nucléicos em géis de poliacrilamida? A principal consideração seria a facilidade de uso e deve ser possível sem nenhum equipamento incomum.


Uma lista de corantes está disponível aqui e uma lista de corantes específicos para ácidos nucléicos está disponível aqui. Acho que você tem duas opções: a coloração em gel de ácido nucleico SYBR Gold (S11494), que pode ser detectada sob luz ultravioleta (não tenho certeza se pode ser usada com géis de poliacrilamida). Sua outra opção que pode ser usada com géis de poliacrilamida é a coloração em gel SYBR Green II RNA (S7564, S7568, S7586), essa coloração pode ser detectada com luz ultravioleta pós-eletroforese. Ele declara RNA no nome, mas também pode ser usado para ssDNA.

Espero que isto ajude


Eu acho que GelRed ou GelGreen também seriam uma opção. Eles afirmam ser mais sensíveis do que EtBr e certamente menos tóxicos (ainda mais do que SYBR Green). Eu não os usei pessoalmente contra um produto bp tão pequeno. GelRed tem basicamente os mesmos comprimentos de onda de excitação / emissão que o EtBr, portanto, nenhuma mudança de equipamento é necessária.

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Colorações Fluorescentes em Gel de Ácido Nucleico

Coloração de ácido nucléico que se liga a regiões ricas em A-T de DNA ao longo do sulco menor.

Invitrogen & trade SYBR & trade Green Nucleic Acid Gel Stain Kit inicial

Tudo o que é necessário para novos usuários usarem manchas de gel SYBR

Invitrogen & trade SYBR & trade Safe DNA Gel Stain em 1X TAE

Invitrogen & trade SYBR & trade Safe DNA Gel Stain em 0,5X TBE

Desenvolvido especificamente para reduzir a mutagenicidade e ser mais seguro do que o brometo de etídio para a coloração de DNA em géis de agarose ou acrilamida

MP Biomedicals & trade solução de brometo de etídio (10mg / mL)

Solução de brometo de etídio (10mg / mL), grau de biologia molecular

Cytiva Amersham & trade Cy & trade 3 Saturation Dye

Excelente para análise multicolorida, com cores brilhantes e facilmente distinguíveis

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A síntese de DNA é uma tecnologia que liga os ácidos desoxinucleicos (adenina, timina, citosina e guanina) para formar o DNA. Como a pedra angular da biologia molecular moderna, a síntese de DNA desempenha um papel fundamental no campo da biologia sintética. Além da síntese de oligos padrão, também fornecemos serviços de pesquisa científica, como síntese de oligos longos, síntese de oligos fosforotioato (S-Oligo), síntese de oligos modificados, síntese de oligos fluorescentes e sondas PCR quantitativas em tempo real para atender às suas diferentes necessidades.

Os peptídeos são sintetizados por reação de condensação do grupo carboxila de um aminoácido com o grupo amino de outro aminoácido e são amplamente utilizados em vários campos, como preparação de anticorpos, desenvolvimento de drogas e desenvolvimento de vacinas polipeptídicas. Cada um de nossos polipeptídeos é acompanhado por HPLC confiável e dados de espectrometria de massa, relatórios de síntese detalhados são fornecidos e os produtos são enviados em um estado liofilizado. Uma equipe experiente pode ajudar os usuários a projetar cadeias de peptídeos e fazer recomendações apropriadas para as diferentes necessidades dos usuários, como anticorpos, marcadores especiais, síntese em grande escala, etc. Além disso, também oferecemos Síntese de PNA Personalizada de alta qualidade.

Uma biblioteca de peptídeos é uma nova técnica para estudar a relação estrutura-função de uma proteína. Uma biblioteca de peptídeos contém um grande número de peptídeos que possuem uma combinação sistemática de aminoácidos. A biblioteca de peptídeos fornece uma ferramenta poderosa para design de drogas, interações proteína-proteína e outras aplicações bioquímicas e farmacêuticas. Ele também tem amplas aplicações em triagem de drogas, validação de alvos, mapeamento de epítopos e desenvolvimento de vacinas.

A síntese gênica é uma tecnologia que sintetiza genes por métodos artificiais, que é um dos meios de aquisição de genes. Em comparação com a aquisição de genes de organismos existentes, a síntese de genes não precisa de modelos e, portanto, não é limitada pela fonte dos genes. Usamos um software exclusivo de projeto de síntese de genes, que inclui um conjunto completo de ferramentas para projetar unidades estruturais ideais, permitindo assim a construção e síntese de genes rápida e eficiente em uma única reação. Não se limite a locais de restrição e poliligantes, pois sintetizaremos as várias sequências de genes de que você precisa.

A reação em cadeia da polimerase (PCR) é um método amplamente utilizado em biologia molecular, que pode replicar rapidamente de milhões a bilhões de amostras de DNA específicas, permitindo aos cientistas extrair apenas uma pequena quantidade de amostras de DNA para pesquisas detalhadas. Fornecemos uma variedade de DNA polimerases (Taq, Bst, Pfu) e pré-misturas de PCR correspondentes, cobrindo uma ampla gama de cenários, como alta fidelidade, alta especificidade e amplificação rápida. Os kits da série Scarlet ™ fornecem uma solução perfeita para PCR direto do sangue, e o kit de genotipagem PrimeSNP ™ usa o método de PCR específico de alelo competitivo para genotipagem de amostras de DNA purificadas. Também são fornecidos dNTPs e NTPs de alta qualidade (conjunto, mistura).

O ácido ribonucléico (RNA), como um material chave para a transmissão da informação genética e regulação celular, tem sido extensivamente estudado em biologia molecular. Como o DNA, o RNA é montado na forma de cadeias de nucleotídeos, mas, ao contrário do DNA, o RNA existe na natureza na forma de dobras de fita simples, em vez de fitas duplas emparelhadas. Nós fornecemos RNasin (inibidor de RNase) e transcriptase reversa M-MLV para fornecer uma solução de matéria-prima completa para pesquisa de RNA. A série miAnalysis ™ é projetada para pesquisa quantitativa de microRNA. E a série VirusMag ™ é projetada para o isolamento de RNA / DNA viral ou DNA bacteriano.

Na SBS Genetech, estamos na vanguarda em oferecer soluções para amplificação isotérmica com base em nossa plataforma de classe mundial. Nossa Bst DNA / RNA polimerase está no centro desta plataforma, que é uma mistura de Bst polimerase e transcriptase reversa extremamente termoestável. Com base nesta enzima especial, desenvolvemos a série de microesferas de amplificação isotérmica liofilizada PrimeIamp TM. Essas séries são mixagens master prontas para uso, que podem realizar a amplificação isotérmica diretamente quando os modelos e primers são adicionados. Com a tecnologia de liofilização, essas master mixes são liofilizadas em microesferas sólidas, que podem ser transportadas e armazenadas em temperatura ambiente com grande comodidade.

A tecnologia de silenciamento de RNA se tornou uma ferramenta poderosa para estudar a função do gene. O sucesso de qualquer experimento de RNA depende de siRNA de alta qualidade e reagente de transfecção eficaz. Com a modificação química, nosso siRNA quimicamente modificado tem uma estabilidade muito maior do que o siRNA comum. A modificação química não só aumenta o tempo de vida do siRNA em soro e cultura de células, mas também aumenta sua atividade em vitro. Quanto ao reagente de transfecção, nosso reagente de transfecção de siRNA pronto para uso, Sirnafectamine, pode ser usado para uma ampla gama de linhas de células, com citotoxicidade mínima e o melhor estado de célula após a transfecção. Como a Sirnafectamine protegerá o RNA durante todo o processo, uma concentração muito baixa de siRNA pode produzir alta eficiência de silenciamento de genes.

A purificação do ácido nucléico é um componente importante da biologia molecular e tem uma ampla gama de aplicações na medicina e nas ciências biológicas. Nosso kit de purificação de ácido nucleico usa tecnologia de coluna de sílica gel de primeira classe (SiMax ™ Spin Column, SiMax ™ Genomic DNA Extraction, SiMax ™ PCR Products / Agarose Gel Purification, SiMax ™ Plasmid DNA Miniprep) e tecnologia de esferas magnéticas (VirusMag ™ Magnetic Beads, Separadores magnéticos VSep ™, kit de isolamento de DNA / RNA em uma etapa VirusMag ™, kit de isolamento de DNA / RNA VirusMag ™), que podem purificar DNA de várias fontes de forma rápida e confiável. A pureza do DNA purificado por nosso kit é muito alta e é adequado para muitas aplicações downstream, como determinação de sequência, clonagem e clivagem.

Os marcadores de DNA são usados ​​para determinar o tamanho aproximado das moléculas no gel durante a eletroforese, com base no princípio de que o peso molecular é inversamente proporcional à mobilidade através da matriz do gel. Nós fornecemos padrões de peso molecular de DNA abundantes que podem ser usados ​​para vários comprimentos de fragmentos. Nossos fragmentos de marcadores de DNA foram purificados separadamente por tecnologia proprietária, de modo que sua qualidade é superior aos padrões da indústria.

CRISPR (Clustroso Runiformemente euespaçado Short Palindrômico Repeats) é uma família de sequências de DNA encontradas nos genomas de organismos procarióticos, como bactérias e arquéias. A tecnologia de edição de genes baseada neste sistema possui uma ampla variedade de aplicações. Aqui, fornecemos várias nucleases Cas, sgRNAs sintéticos e T7 Endonuclease I de alta qualidade para melhorar a precisão e eficiência de seus experimentos.


GreenSafe Premium (MB13201)

Descrição: GreenSafe Premium é um novo corante de ácido nucléico que pode ser usado como uma alternativa mais segura ao tradicional brometo de etídio para detectar ácidos nucléicos em géis de agarose. É tão sensível quanto o brometo de etídio e pode ser usado exatamente da mesma forma na eletroforese em gel de agarose. A coloração GreenSafe Premium emite fluorescência verde quando ligada ao DNA ou RNA. Possui dois picos de excitação de fluorescência secundária (≈270 nm e ≈290 nm) e um pico de excitação forte a 490 nm. A emissão de fluorescência é semelhante ao brometo de etídio quando ligado ao DNA em 530 nm. Portanto, a coloração GreenSafe Premium é compatível com uma ampla variedade de instrumentos de leitura de gel.

Recursos:
& # 8211 Usado para detectar dsDNA e RNA
& # 8211 Não tóxico, não mutagênico e não cancerígeno (é uma alternativa à coloração com brometo de etídio)
& # 8211 Alta sensibilidade mesmo para pequenos fragmentos
& # 8211 Relação sinal-ruído superior
& # 8211 Pronto para usar conveniente
& # 8211 Compatível com uma ampla variedade de instrumentos de leitura de gel
& # 8211 Sem resíduos perigosos

Formulários:
& # 8211 Detecção de DNA ou RNA em géis de agarose por pré-coloração ou pós-coloração

Alta sensibilidade em uma ampla gama de tamanhos de DNA:

1% (w / v) de gel de agarose corado com GreenSafe Premium

Especificações:

Molécula alvo: DNA e RNA
Método de detecção: Fluorescência
Modo de uso: Adicione a mancha durante a moldagem do gel ou, alternativamente, os géis podem ser pós-corados
Disposição: Os resíduos devem ser descartados de acordo com os regulamentos de controle ambiental
Condições de armazenamento: Armazenar em temperatura ambiente ou 4 ° C, protegido da luz
Condições de envio: Enviado em temperatura ambiente até 4 ºC

Componentes:
& # 8211 1 frasco de 1 mL

1. Por que usar alternativas ao EtBr?
O brometo de etídio (EtBr) é provavelmente o corante mais conhecido usado para visualizar o DNA. Por causa de sua estrutura química, ele se intercala nas fitas de DNA formando complexos fluorescentes que podem ser visualizados sob luz ultravioleta. Mas o brometo de etídio é um agente cancerígeno e mutagênico em potencial, por isso deve ser manuseado com cuidado muito especial e geralmente requer um espaço de bancada específico e exclusivo para não contaminar todo o laboratório. Por causa de todos os riscos à saúde envolvidos ao trabalhar com EtBr, várias alternativas de coloração de DNA foram desenvolvidas nos últimos anos. Essas alternativas são muito menos perigosas de trabalhar e mostram um desempenho de coloração muito bom.
NZYTech tem o orgulho de anunciar um portfólio de duas alternativas de coloração de ácido nucléico: GreenSafe Premium e GreenSafe Direct Load. Sua sensibilidade é semelhante ao EtBr e a eletroforese em gel de agarose pode ser realizada da mesma forma que com EtBr.

Análise comparativa preliminar do poder de resolução de COX1 e
16S-rDNA como marcadores moleculares para a identificação de carraças de Portugal

Filipe D, Parreira R, Pereira A, Galvão N, Cristovão MJ, Nunes M, Vieira LM, Campino L, Maia, C
Parasitologia Veterinária: Estudos Regionais e Repórteres , 2021

Resposta de anticorpos ao vírus da Toscana e à febre do mosquito-siciliano em gatos naturalmente expostos a picadas de flebotomíneos em Portugal
Pereira A, Nazli A, Cristóvão JM, Vilhena H, Martins A, Cachola P, Henriques J, Coimbra M, Catarino A, Lestinova T, Spitzova T, Volf P, Campino L, Charrel R, Maia C
Microorganismos , 2019

Resposta de anticorpo para Phlebotomus perniciosus saliva em gatos naturalmente expostos a flebotomíneos está positivamente associada com Leishmania infecção
Pereira A, Cristóvão JM, Vilhena H, Martins A, Cachola P, Henriques J, Coimbra M, Catarino A, Lestinova T, Spitzova T, Volf P, Campino L, Maia C
Parasitas e vetores amp , 2019

Bactérias transmitidas por carrapatos e protozoários detectados em carrapatos coletados em animais domésticos e vida selvagem no centro e sul de Portugal
Pereira A, Parreira R, Cotão AJ, Nunes M, Vieira ML, Azevedo F, Campino L, Maia C
Carrapatos e doenças transmitidas por carrapatos, 2018

Tipagem molecular, características de virulência e resistência antimicrobiana de estafilococos do pé diabético
Mottola C, Semedo-Lemsaddek T, Mendes JJ, Melo-Cristino J, Tavares L, Cavaco-Silva P, Oliveira M
Journal of Biomedical Science, 2016

Regulação estrogênica de transportadores de bicarbonato da família SLC4 em células de Sertoli de rato
Bernardino RL, Martins AD, Jesus TT, Sá R, Sousa M, Alves MG, Oliveira PF
Mol Cell Biochem , 2015

Agentes bacterianos e protozoários de doenças transmitidas por vetores caninos no sangue de cães domésticos e vadios do sul de Portugal
Maia C, Almeida B, Coimbra M, Fernandes MC, Cristóvão JM, Ramos C, Martins Â, Martinho F, Silva P, Neves N, Nunes M, Vieira ML, Cardoso L, Campino L
Parasitas e vetores amp , 2015

Purificação da vacina à base de ácido desoxirribonucléico da gripe usando monólito de agmatina
Bicho D, Caramelo-Nunes C, Sousa A, Sousa F, Queiroz JA, Tomaz CT
J Chromatogr B Analyt Technol Biomed Life Sci , 2016


Alternativas EtBr

SERVA DNA Stain Clear G é uma versão nova, não cancerígena, muito mais sensível e conveniente de nosso SERVA DNA Stain G. Ele pode ser usado em vez de brometo de etídio altamente cancerígeno para detectar ácido nucléico em géis de agarose.

SERVA DNA Stain Clear G emite fluorescência verde quando ligado ao DNA ou RNA. Tem dois picos de excitação de fluorescência secundários (ca. 270 nm e 295 nm) e um pico de excitação forte centrado em torno de 490 nm. A emissão de fluorescência é semelhante a EtBr em ca. 530 nm quando ligado ao ácido nucleico.
Os protocolos de pré-moldagem e pós-coloração são aplicáveis.
1 ml deste corante é suficiente para 17 & # 8211 25 L de gel de agarose.

Informações adicionais

Informações sobre pedidos

AMRESCO & # 8211 EZ-Vision ™, substituto seguro para EtBr

EZ-VISION ™ é um reagente fluorescente não mutagênico que produz a visualização instantânea de bandas de DNA após iluminação UV de géis de agarose (*). Os produtos EZ-VISION ™ são fornecidos no tampão de carregamento de DNA 6X da AMRESCO.
EZ-VISION ™ Three contém 3 corantes de rastreamento que migram a 4.000bp, 400bp e 10bp EZ-VISION ™ One tem todos os benefícios do EZ-VISION ™ Three e contém apenas um corante de rastreamento rápido que migra a aproximadamente 10bp em um 1 % gel de agarose. EZ-VISION ™ forma um complexo estreito com o DNA da amostra e co-migra com ele durante a eletroforese. As bandas de DNA podem ser visualizadas imediatamente após a execução, colocando o gel em um transiluminador UV padrão. A coloração e descoloração pós-execução são completamente eliminadas.

EZ-VISION ™ não é mutagênico e elimina problemas de transporte e manuseio perigosos. É ideal para aplicações que precisam de visualização rápida da banda de DNA e para ambientes que requerem uma alternativa segura e não perigosa ao brometo de etídio.

(*) O EZ-VISION ™ não é adequado para gel de acrilamida nem para coloração de RNA.


Embora o brometo de etídio seja rotineiramente usado para corar DNA em géis, o brometo de etídio também tem sido usado para detectar complexos de proteína-DNA em ensaios de desvio de banda e para observar moléculas de DNA individuais durante a eletroforese em gel. A coloração de ssDNA ou RNA é menos sensível, muitas vezes exigindo 10 vezes mais ácido nucleico para detecção equivalente.

Oferecemos uma solução aquosa de brometo de etídio de 10 mg / mL, que pode ser usada conforme fornecida ou diluída na concentração desejada.

Manuseie EtBr com Cuidado
A principal desvantagem do brometo de etídio é que ele é um mutagênico potente. A solução de brometo de etídio deve ser manuseada com extremo cuidado e descontaminada antes do descarte.


Diamond ™ Nucleic Acid Dye é uma alternativa segura e econômica ao brometo de etídio

Neste estudo, comparamos as propriedades mutagênicas do Diamond & trade Nucleic Acid Dye e do brometo de etídio usando o teste de Ames, um ensaio biológico para determinar a potencial mutagenicidade de um composto. Descobrimos que o corante de ácido nucléico Diamond & trade é significativamente menos mutagênico do que o brometo de etídio nas concentrações normalmente usadas para corar géis.

Introdução

Desde 1960, os cientistas têm usado a eletroforese em gel para separar os ácidos nucléicos por tamanho, e o brometo de etídio tem sido usado para corar e visualizar os ácidos nucléicos pós-eletroforese (1). Mostramos anteriormente que o Diamond & trade Nucleic Acid Dye é um corante sensível que pode ser usado para visualizar uma ampla gama de concentrações e tamanhos de DNA e RNA pós-eletroforese com o mesmo equipamento (2). O uso seguro de reagentes de laboratório é extremamente importante e há um movimento crescente para reduzir a quantidade de reagentes tóxicos usados ​​no dia-a-dia no laboratório.

O brometo de etídio é um agente interquelante com propriedades mutagênicas conhecidas. O Diamond & trade Nucleic Acid Dye, por outro lado, é um agente fluorescente que se liga às ranhuras na (s) estrutura (s) helicoidal (s) dos ácidos nucleicos. Neste estudo, a mutagenicidade (genotoxicidade) do Diamond & trade Nucleic Acid Dye foi determinada e comparada com a do brometo de etídio usando o Ames MPF & trade Assay, um teste que tem sido usado para determinar a mutagenicidade de produtos químicos desde o início dos anos 1970 e ainda é amplamente utilizado hoje.

Materiais

Métodos

O teste de toxicidade foi realizado pela Apredica (Watertown, MA), uma divisão de pesquisa contratada da Cyprotex, usando o Ames MPF & trade Assay (3). Os estoques de compostos (Diamond & trade Nucleic Dye e Ethidium Bromide) foram fornecidos à Apredica e, subsequentemente, diluídos 1:25 em PBS, depois diluídos em série 1:10 em 6 doses para ensaio em triplicado no mini Ames MPF & trade Assay. Diamond & trade Nucleic Acid Dye exigiu uma diluição inicial adicional de 1:10 em PBS para obter um estoque solúvel para teste.

Duas cepas bacterianas foram testadas: Salmonella typhimurium carregando mutações no operon para a biossíntese de histidina 1) cepa TA98 (mutação frameshift) e 2) cepa TA100 (substituição de par de bases). As cepas foram testadas na ausência e presença de extrato de fígado de rato S9 para ativação metabólica, que pode converter alguns produtos químicos em mutagênicos. As bactérias foram incubadas com os compostos em meio com histidina mínima por 90 minutos (suficiente para 2 duplicações de gerações), depois transferidas para meio livre de histidina e cultivadas por 48 horas adicionais. Os revertentes naturais foram monitorados sem composto (controle apenas de veículo), n = 9. De acordo com o Ames MPF & trade Assay, as bactérias foram incubadas em cultura líquida na presença de um indicador de pH colorimétrico. A alteração do pH foi indicativa de crescimento bacteriano e monitorada por espectrofotometria.

O crescimento na presença do composto foi comparado ao controle apenas com veículo. Dois desvios padrão acima do controle apenas do veículo foram definidos como linha de base. As doses de composto que deram um crescimento significativo acima da linha de base (conforme determinado por P & lt0,01 por teste T unilateral não pareado) foram classificadas como mutagênicas (genotóxicas). As doses de composto que deram um crescimento significativo abaixo da linha de base (conforme determinado por P & lt0,01 por teste T unilateral não pareado) foram classificadas como citotóxicas (o crescimento geral foi inibido, portanto a mutagenicidade não foi determinada).

Resultados

Avaliamos a toxicidade potencial do corante de ácido nucléico Diamond & trade usando o Ames MPF & trade Assay e comparamos os resultados com os do brometo de etídio, um conhecido corante de ácido nucléico cancerígeno e mutagênico. Usamos uma série de diluições de 1:10 para abranger as concentrações de uso recomendadas para ambos os corantes.

O brometo de etídio está normalmente disponível em estoque de 10mg / ml e usado para coloração de gel em

0,5 & microg / ml. Foi demonstrado que é mutagênico pelo teste de Ames (3). Foi citotóxico (inibiu todo o crescimento de fundo) nas doses mais altas testadas e genotóxico dentro da faixa de concentrações de uso típicas (Figura 1).

Figura 1. Toxicidade do brometo de etídio medida pelo Ames MPF ™ Assay. Cada dose de composto foi testada com 2 cepas bacterianas (TA98 e TA100) na ausência e presença de extratos de fígado de rato S9. Média de amostras triplicadas mostradas. As doses dentro da faixa de uso normal são indicadas (0,4 e 4 & microg / ml). As doses do composto foram comparadas com a linha de base do controle do veículo (n = 9). As doses que mostram um crescimento significativo acima (genotoxicidade) ou abaixo (citotoxicidade) da linha de base são indicadas (conforme determinado por P & lt0,01 por teste T unilateral não emparelhado).

O corante de ácido nucléico Diamond & trade também é fornecido altamente concentrado com uma diluição de uso recomendada de 1: 10.000. Como um estoque concentrado, o Diamond & trade Nucleic Acid Dye também foi citotóxico, mas na diluição de uso recomendada, nenhuma toxicidade foi detectada (Figura 2). Alguma genotoxicidade foi detectada em uma diluição intermediária (1: 1.000), mas apenas a 7% do nível medido para o brometo de etídio.

Figura 2. Toxicidade do corante ácido nucléico Diamond ™ medida pelo Ames MPF ™ Assay. Cada dose de composto foi testada com 2 cepas bacterianas (TA98 e TA100) na ausência e presença de extrações de fígado de rato S9. O corante de estoque foi fornecido em 23,5X em relação ao estoque comercial (Cat. # H1181), mas arredondado para 25X para relatar simplicidade. Média de amostras triplicadas mostradas. A dose de uso recomendada é indicada (fator de diluição 0,0001). As doses do composto foram comparadas com a linha de base do controle do veículo (n = 9). As doses que mostram um crescimento significativo acima (genotoxicidade) ou abaixo (citotoxicidade) da linha de base são indicadas (conforme determinado por P & lt0,01 por teste T unilateral não emparelhado).

Conclusão

O Diamond & trade Nucleic Acid Dye não é detectavelmente genotóxico ou citotóxico na diluição 1: 10.000 recomendada para coloração em gel, conforme determinado pelo Ames MPF & trade Assay. É diferente do brometo de etídio, que é genotóxico em concentrações de uso típicas (0,5 & microg / ml). Ambos os corantes são citotóxicos, no entanto, em concentrações de estoque comercialmente disponíveis. Estes dados indicam que Diamond & trade Nucleic Acid Dye é significativamente menos tóxico do que o brometo de etídio dentro das concentrações típicas usadas para corar géis.


Resumo

A eletroforese e coloração de DNA é um procedimento comum em laboratórios de bioquímica, mas o uso de brometo de etídio (EB) para detecção de DNA é preocupante, pois o EB é um mutagênico e provável carcinógeno. Cinco colorações alternativas foram avaliadas para detecção de DNA, segurança, custo e facilidade de uso: BlueView, azul de metileno, Carolina Blu, DAPI (4 ', 6-diamidino-2-fenilindol dicloridrato: hidrato) e SYBR Green I. BlueView, Carolina Blu e azul de metileno não são sensíveis o suficiente para detectar as quantidades de microgramas de DNA usadas em muitos procedimentos. No entanto, DAPI e SYBR Green I são boas alternativas de coloração ao brometo de etídio, pois têm sensibilidade semelhante e são fáceis de usar. SYBR Green I é mais caro do que EB ou DAPI, no entanto, os dados de segurança limitados sugerem que SYBR Green I é a coloração mais segura.


Como a coloração com SYBR Safe DNA gel é melhor do que o método convencional de coloração com brometo de etídio?

SYBR seguro é um corante de cianina usado como ácido nucléico mancha em biologia molecular. SYBR seguro liga-se a DNA. O resultado DNA-dye-complex absorve luz azul (& lambdamax = 509 nm) e emite luz verde (& lambdamax = 524 nm).

Além disso, como o brometo de etídio ou o verde SYBR mancham o DNA? Brometo de etídio (EtBr) e SYBR Green eu estão gel de ácido nucléico manchas e comumente usado em combinação com iluminação UV. EtBr induz preferencialmente mutações frameshift, mas apenas na presença de um sistema de ativação metabólica exógena, enquanto SYBR Green eu é um mutagênico muito fraco que induz mutações frameshift.

Além disso, qual é o mecanismo de coloração de DNA com corantes EtBr ou SYBR Safe, por que são considerados mutagênicos potenciais?

o SYBR Verde I e II manchas (novamente, comercializados pela Molecular Probes) são otimizados para diferentes propósitos. Porque elas ligar a DNA, elas continuam a ser considerado potencial mutagênico E por causa disso, elas deve ser manuseado com cuidado.

Por que os cientistas usam brometo de etídio?

Brometo de etídio. Brometo de etídio é uma molécula comumente usado para visualizar o DNA em experimentos de eletroforese em gel de agarose. Quando é exposto à luz ultravioleta, brometo de etídio fluoresce. Assim, esse produto químico fornece um meio de marcar as moléculas de DNA e de visualizá-las.


Resumo

Para estudar os ácidos nucléicos, devemos ter uma maneira de separá-los e identificá-los.

A técnica de separação mais comum é a eletroforese em gel. Os pedaços de DNA se separam em um gel com base no tamanho.

O DNA pode ser visualizado em um gel via autorradiografia, um procedimento no qual o DNA incorporou nucleotídeos radioativos.

O DNA também pode ser visto usando fluorescência, geralmente com um composto chamado brometo de etídio, que brilha em laranja sob a luz ultravioleta quando ligado ao DNA.