Em formação

Representação de cadeia na versão do DNA do Código Genético


Uma entrada da Wikipedia intitulada Tabela de códons de DNA afirma que os códons apresentados na tabela estão na 'fita sensorial do DNA'. Mas qual é o propósito disso, se a cadeia de sentido não codifica para nada? Afirmou que é muito usado em biologia computacional, qual é exatamente o uso dele nessa área?


o fita sensorial tem a mesma sequência do RNA transcrito. o fita anti-sentido é lido na outra direção. Para um determinado gene, a fita sense é o código genético, a outra fita é o modelo complementar usado para transcrever o RNA dele. A molécula de pré-mRNA resultante (antes que os íntrons sejam processados) será de fita simples na direção 5 'para 3' com exatamente a mesma sequência da sequência de codificação (exceto para U em vez de T). Como tal, a vertente dos sentidos é a sequência de codificação de um gene (uma vez que corresponde diretamente à sequência de RNA transcrita).

É importante distinguir a direção de uma sequência de DNA. Os genes podem se sobrepor em direções opostas. As moléculas de DNA e RNA só podem ser sintetizadas por enzimas em uma direção. Isso é importante para a síntese de DNA na Vivo (por exemplo, fragmentos de Okazaki) e experimentos de biologia molecular em vitro (por exemplo, PCR e NGS). Os RNAs antisense também são expressos e são importantes na regulação das funções celulares: isso inclui intensificadores que às vezes expressam RNA bidirecional e RNAs curtos envolvidos na interferência de RNA, microRNA e CRISPR-Cas).

Na biologia molecular, celular e computacional, a fita sense codifica a sequência de codificação (gene ou outro transcrito). Esta é a sequência de qualquer RNA resultante. Portanto, definimos um códon como o tripleto de nucleotídeo que corresponde a um aminoácido resultante. A fita de DNA antisense e os tRNAs são complementares a esta. Portanto, há uma convenção acordada para determinar qual fita está "codificando" e é simples derivar a sequência de aminoácidos resultante do peptídeo codificado dada uma sequência de codificação e um códon de início (AUG). A fita anti-sentido é o elogio reverso sequência que também pode ser calculada. Não é necessário armazenar a sequência de ambas as fitas de um gene, pois a sequência de codificação pode ser usada para inferir a sequência de ambas as fitas.


Veja a Figura 6-7. Biologia molecular da célula. 4ª edição. Alberts B, Johnson A, Lewis J, et al. Nova York: Garland Science; 2002. excerto online


O problema está na terminologia

Tem havido várias variantes de questões desse tipo relacionadas às fitas de DNA nos genes. Em minha opinião, o motivo pelo qual este é um problema comum para os alunos que se deparam com o tópico pela primeira vez é a terminologia pobre ou ambígua.

Na ciência, a expressão solta reflete e / ou encoraja o pensamento solto.

Essa resposta tenta não apenas responder à pergunta, mas também encorajar os inexperientes e experientes a se comunicarem com mais clareza e menos ambigüidade.

É o Código Genético, não o código de DNA

Se o código genético está relacionado a qualquer ácido nucleico em particular, é para mRNA. É uma tabela que indica quais aminoácidos correspondem a (são inseridos na proteína em resposta a) códons de mRNA compostos de tripletos dos ribonucleotídeos correspondentes às bases A, U, G e C. Não inclui a base de DNA timidina.

O Código Genético foi estabelecido usando mRNAs artificiais e oligonucleotídeos tripletos. Não foi usado DNA. Foi ainda confirmado usando RNAs traduzíveis de genomas de bacteriófagos e vírus eucarióticos, cujo material genético é RNA, não DNA. Não apenas não há razão para mencionar o DNA ao discutir o código genético, mas para a maioria dos cientistas que acreditam que o RNA precedeu o DNA, o DNA nem estava presente quando o código genético surgiu. Na verdade, o título de um artigo de 1965 de Nirenberg et. al. (que foram os principais contribuintes para decifrar o código genético) foi:

“Palavras-código de RNA e síntese de proteínas, VII. Sobre a natureza geral do Código de RNA

Outra razão para não se referir ao "Código de DNA" é que o DNA genômico contém outras informações codificadas (por exemplo, locais de início da transcrição) além da sequência de aminoácidos.

Sequenciamento de DNA e apresentação de informações genéticas

Qual é, então, a tabela apresentada na pergunta que - contendo T, em vez de U - claramente se relaciona com o DNA? É um reflexo do fato de que cerca de dez anos depois de decifrado o código genético, tornou-se possível sequenciar o DNA com muito mais facilidade do que o RNA, de modo que as sequências de fragmentos do genoma foram determinadas, anotadas e depositadas em bancos de dados. Quando os usuários pesquisaram e recuperaram tais sequências, eles obviamente queriam que elas fossem apresentadas de uma maneira que comunicasse com mais clareza aquelas características anotadas relacionadas à função do fragmento genômico (ou, posteriormente, genoma inteiro). Uma das características mais importantes para os usuários era obviamente a sequência da proteína especificada pelo gene. Além disso, devido à complementaridade das duas fitas dos genomas de DNA de fita dupla, não era necessário apresentar as duas fitas, e apresentar uma fita aumentaria a clareza. Portanto, os bancos de dados adotaram as seguintes políticas:

  1. Apenas uma única fita do DNA foi apresentada (na direção 5ʹ a 3ʹ, conforme a convenção para abreviatura química assume).
  2. Onde o fragmento de DNA continha um único gene, a fita apresentada era aquela que poderia ser interpretada pelo cientista como se ele estivesse lendo uma fita de mRNA, mas com U substituído por T.

Para auxiliar tal interpretação (ou para análise humana ou de computador - esta última mencionada na pergunta - de ambas as fitas de DNA para identificar regiões codificadoras de proteínas potenciais) tabelas do tipo na pergunta são produzidas. Eles são talvez melhor referidos como 'Versões de DNA do código genético 'ou semelhantes.

Como se referir às duas fitas de DNA?

Ao se referir a um segmento de DNA contendo um único gene, acho que a maneira mais inequívoca de se referir às duas fitas é:

o fita transcrita, e as fita não transcrita.

Isso está relacionado ao evento real - a transcrição - que produz o mRNA. Eu aconselharia seu uso por aqueles que ensinam e escrevem sobre o assunto.

Alternativas para o termo fita não transcrita

Infelizmente, a fita apresentada em sequências de genes recuperados dos bancos de dados, conforme descrito acima, é o não transcrito vertente. Talvez por relutância em dar uma palavra com conotações negativas a algo de importância semântica, esse termo é muito raramente usado e provavelmente nunca será adotado de maneira geral. Em vez disso, o seguinte é frequentemente empregado para a fita não transcrita - o nome da fita transcrita é dado entre parênteses.

  • codificação (não codificação)
  • não modelo (modelo)
  • mais (menos) ou positivo (negativo)
  • sentido (anti-sentido)

Já discuti os problemas com esses termos com mais detalhes em resposta a uma pergunta relacionada, onde expliquei por que desencorajo o uso de qualquer um desses outros que não sentido / anti-sentido - a fita de sentido transmite o sentido de informação do mRNA. Codificar / não codificar causa confusão porque o estudante ingênuo pode muito bem supor que a fita transcrita contém a informação genética e sentir que o termo 'codificação' deve se aplicar a ela. (Na verdade, ambas as fitas contêm a informação, como atesta a existência de vírus de fita simples de fita negativa (aqui a terminologia está correta).

Sítios de reconhecimento de RNA polimerase

Um problema relacionado tem sido a fonte de uma pergunta sobre por que as caixas CAAT - reconhecidas pela RNA polimerase - são nomeadas para a fita não transcrita. A resposta é que tendo desenvolvido uma convenção para representar a fita de um gene que nos permite discernir o produto da proteína e as características do mRNA e do mRNA precursor, a principal preocupação do cientista é ver as características de transcrição em relação a isso, ao invés do que para outra fita, com conversões mentais A / T, G / C e 3ʹ / 5ʹ.

Problemas Restantes

Conforme discutido na resposta a outra pergunta, o uso de qualquer descrição - mesmo não transcrita - com o não qualificado substantivo vertente é um problema porque sugere que o genoma como um todo tem uma fita transcrita e outra não transcrita, ao passo que quase sempre há genes com ambas as orientações e, portanto, transcritos a partir de fitas diferentes. Talvez seja melhor, portanto, referir-se ao fios de um gene, exceto naqueles casos (geralmente bactérias ou vírus) onde dois genes se sobrepõem em direções opostas. Mas Biologia não é Física e, às vezes, a nomenclatura precisa ser descritiva, em vez de definitiva.


Aqui está a entrada no conjunto para o gene da transferrina humana. Na vida real, as pessoas olham para as sequências de cDNA, não para a sequência de RNA, e não veem os U's, apenas T's

http://uswest.ensembl.org/Homo_sapiens/Transcript/Exons?db=core;g=ENSG00000091513;r=3:133745956-133796640;t=ENST00000402696

Observe o primeiro exon, que começa em 5'-GGGCTTTGCCTGTCATT. Observe a sequência de DNA nessa região. É o mesmo. O modelo para esse gene é reverso, o que faz com que a própria fita se pareça com a sequência de DNA na direção para frente.


Sequência de ácido nucléico

UMA sequência de ácido nucléico é uma sucessão de bases representada por uma série de um conjunto de cinco letras diferentes que indicam a ordem dos nucleotídeos que formam alelos dentro de uma molécula de DNA (usando GACT) ou RNA (GACU). Por convenção, as sequências são geralmente apresentadas da extremidade 5 'à extremidade 3'. Para DNA, a fita sense é usada. Como os ácidos nucleicos são normalmente polímeros lineares (não ramificados), especificar a sequência é equivalente a definir a estrutura covalente de toda a molécula. Por esta razão, a sequência de ácido nucleico também é denominada estrutura primária.

A sequência tem capacidade de representar informações. O ácido desoxirribonucléico biológico representa a informação que dirige as funções de um ser vivo.

Os ácidos nucléicos também têm uma estrutura secundária e uma estrutura terciária. A estrutura primária às vezes é erroneamente referida como sequência primária. Por outro lado, não existe um conceito paralelo de sequência secundária ou terciária.


Novo sistema de edição de genoma CRISPR oferece uma ampla gama de versatilidade em células humanas

Uma equipe do Broad Institute of MIT e Harvard desenvolveu uma nova abordagem de edição do genoma CRISPR combinando duas das proteínas mais importantes da biologia molecular - CRISPR-Cas9 e uma transcriptase reversa - em uma única máquina.

O sistema, chamado de "edição principal", é capaz de editar diretamente células humanas de maneira precisa, eficiente e altamente versátil. A abordagem expande o escopo da edição de genes para pesquisas biológicas e terapêuticas e tem o potencial de corrigir até 89% das variações genéticas conhecidas que causam doenças.

"Uma grande aspiração nas ciências da vida molecular é a capacidade de fazer com precisão qualquer mudança no genoma em qualquer local. Achamos que a edição principal nos aproxima desse objetivo", disse David Liu, membro central do instituto, Professor Richard Merkin, vice-presidente do corpo docente e diretor do Instituto Merkin de Tecnologias Transformativas em Saúde do Broad Institute of MIT e Harvard. "Não temos conhecimento de outra tecnologia de edição em células de mamíferos que ofereça esse nível de versatilidade e precisão com tão poucos subprodutos."

Liu é o autor sênior de um artigo publicado hoje em Natureza descrevendo a edição principal. A pesquisa também foi liderada pelo primeiro autor Andrew Anzalone, um pós-doutorado de Jane Coffin Childs no laboratório de Liu no Broad Institute.

Uma nova abordagem CRISPR

A edição principal difere dos sistemas anteriores de edição de genoma por usar RNA para direcionar a inserção de novas sequências de DNA em células humanas.

A primeira ferramenta CRISPR utilizada para edição de genoma em células humanas, pioneira no Broad Institute, MIT e Harvard, foi a proteína Cas9. Cas9 faz quebras próximas em cada fita de DNA, cortando o DNA inteiramente. Essas ferramentas podem interromper genes-alvo em um local específico e, então, possibilitar a adição de novas sequências por meio da recombinação de novo DNA no local, dirigido pela própria célula.

Editores de base, desenvolvidos inicialmente pelo laboratório de Liu, se baseiam nessa tecnologia, fundindo Cas9 a proteínas que podem realizar reações químicas para transformar uma única letra de DNA em outra. Os editores de base atuais podem fazer quatro tipos de alterações de base única com eficiência: C para T, T para C, A para G e G para A.

O novo sistema de edição principal envolve o acoplamento de Cas9 a uma proteína diferente chamada transcriptase reversa. O complexo molecular usa uma fita do sítio de DNA alvo para "preparar", ou iniciar, a escrita direta de informações genéticas editadas no genoma.

Um novo tipo de RNA-guia projetado, chamado pegRNA, direciona o editor principal para o local de destino, onde um Cas9 modificado corta uma fita do DNA. O pegRNA também contém nucleotídeos de RNA adicionais que codificam a nova sequência editada. Para transferir essas informações, o elemento da transcriptase reversa lê a extensão do RNA e grava os nucleotídeos do DNA correspondentes no local alvo.

Edições feitas sob encomenda

No Natureza papel, a equipe demonstrou a capacidade de edição principal para corrigir com precisão as variantes do gene que causam a anemia falciforme, exigindo a conversão de um T específico para um A, e doença de Tay Sachs, exigindo a remoção de quatro letras de DNA em um local preciso no genoma .

Os pesquisadores relatam ainda uma variedade de tipos de edição bem-sucedidos em células humanas e neurônios primários de camundongos, incluindo todas as 12 maneiras possíveis de substituir uma letra de DNA por outra, inserções de novos segmentos de DNA de até 44 letras de DNA, deleções precisas de até 80 DNA letras e modificações combinando esses diferentes tipos de edições.

"Com a edição inicial, agora podemos corrigir diretamente a mutação da anemia falciforme de volta à sequência normal e remover as quatro bases extras de DNA que causam a doença de Tay Sachs, sem cortar o DNA totalmente ou precisar de modelos de DNA", disse Liu, que também está professor de química e biologia química na Universidade de Harvard e investigador do Howard Hughes Medical Institute. "A beleza desse sistema é que há poucas restrições à sequência editada. Como os nucleotídeos adicionados são especificados pelo pegRNA, eles podem ser sequências que diferem da fita original por apenas uma letra, que têm letras adicionais ou menos, ou que são várias combinações dessas mudanças. "

"A versatilidade da edição principal rapidamente se tornou aparente à medida que desenvolvíamos essa tecnologia", lembra Anzalone. "O fato de podermos copiar diretamente novas informações genéticas em um site-alvo foi uma revelação. Ficamos realmente entusiasmados."

Ao fazer alterações de precisão, os pesquisadores relatam que a edição principal alcança edições bem-sucedidas com uma taxa menor de alterações indesejadas "fora do alvo" em comparação com abordagens que exigem quebras próximas em cada fita de DNA. A edição principal também pode fazer alterações precisas de um único nucleotídeo em sequências alvo que os editores de base têm dificuldade de acessar, de acordo com os dados da equipe.

A equipe de Liu pretende continuar otimizando a edição principal, inclusive maximizando sua eficiência em muitos tipos de células diferentes, investigando ainda mais os efeitos potenciais da edição principal nas células, testes adicionais em modelos celulares e animais da doença e explorando os mecanismos de entrega em animais para fornecer um potencial caminho para aplicações terapêuticas em humanos.

Os pesquisadores e o Broad Institute estão disponibilizando essa tecnologia gratuitamente para as comunidades acadêmicas e sem fins lucrativos, inclusive por meio do compartilhamento de vetores por meio da organização sem fins lucrativos Addgene. Para esses grupos, nenhuma licença é necessária.

O Broad Institute está disponibilizando ferramentas de edição de primeira linha para licenciar não exclusivamente para pesquisa e fabricação por empresas e para o desenvolvimento comercial de ferramentas e reagentes. Para uso terapêutico humano, o Broad Institute licenciou a tecnologia para a Prime Medicine sob o modelo de inovação inclusiva. Como foi relatado publicamente, a Beam Therapeutics recebeu uma sublicença da Prime Medicine para o uso de edição principal em certos campos e para certas aplicações. (Liu é consultor e cofundador da Prime Medicine e Beam Therapeutics.)

O financiamento para este estudo foi fornecido em parte pelo Merkin Institute of Transformative Technologies in Healthcare, National Institutes of Health (RM1U01AI142756, RM1HG009490, R01EB022376, R35GM118062, T32GM007726), uma bolsa de pós-doutorado da Fundação Jane Coffin Childs, uma bolsa de pesquisa do Cancer Helen Hay Whitney com bolsa de pós-doutorado e Howard Hughes Medical Institute.


Representação de cadeia na versão do DNA do Código Genético - Biologia

Baba Eyiogbe diz ". É realmente parte da tradição Ifa que Ifa foi trazido para a China, mas de uma forma mais limitada. Isso às vezes é atribuído a um caminho guerreiro de Obatal & aacute, Obatal & aacute Ayaguna. Este caminho de Obatal & aacute é o adivinho de Ifa os outros caminhos de Obatal e aacute também (quando Orunmila não o faz diretamente).. ".

Parece-me que a adivinhação védica e o Tai Shuan Ching são baseados no aspecto Trialidade da álgebra de Clifford Clifford 256-dimensional da IFA, enquanto I Ching se baseia na subálgebra Clifford 64-dimensional Cl (6) do Cl (8) de IFA.

De acordo com dois artigos de 13 de fevereiro de 2001 no The New York Times por Nicholas Wade: ". Dr. J. Craig Venter e colegas da Celera Genomics reportam em. & # 91 Science 291 (16 de fevereiro de 2001) 1304-1351 & # 93. Que eles identificaram 26.588 genes humanos com certeza, com outros 12.731 genes candidatos... O rival da Celera, o consórcio de centros acadêmicos com financiamento público, chegou a uma conclusão semelhante. Seu relatório em. & # 91 Nature 409 (15 de fevereiro de 2001) 860- 921, onde dizem ". Os genes (ou pelo menos suas regiões codificantes) compreendem apenas uma pequena fração do DNA humano, mas representam a principal função biológica do genoma e o principal foco de interesse dos biólogos. . "& # 93. Fixa o número provável de genes humanos em 30.000 a 40.000. Como os métodos atuais de descoberta de genes tendem a superestimar, cada lado prefere o limite inferior de sua faixa e 30.000 parece ser a nova estimativa favorita. das sequências de DNA repetitivas em 75 por cento do genoma que é essencialmente lixo deixaram de se acumular milhões de anos atrás, mas algumas sequências ainda estão ativas e podem fazer algum bem. Os próprios cromossomos têm uma arqueologia rica. Grandes blocos de genes parecem ter sido copiados extensivamente de um cromossomo humano para outro, acenando aos arqueólogos genéticos para descobrir a ordem em que a cópia ocorreu e, assim, reconstruir a história do genoma animal.

À medida que o modesto número de genes humanos se tornava aparente, os biólogos de ambas as equipes foram forçados a pensar em como explicar a maior complexidade das pessoas, já que parecem possuir apenas 50% a mais de genes do que a lombriga. Não é um orgulho tolo supor que há algo mais no Homo sapiens do que Caenorhabditis elegans. A lombriga é um pequeno tubo de uma criatura com um corpo de 959 células, das quais 302 são neurônios no que passa por seu cérebro. Os humanos têm 100 trilhões de células em seu corpo, incluindo 100 bilhões de células cerebrais.

Várias explicações estão surgindo sobre como gerar complexidade extra além da adição de mais genes. Um é a ideia geral de complexidade combinatória - com apenas algumas proteínas extras, pode-se fazer um número muito maior de combinações diferentes entre elas. .

A primeira varredura do genoma das duas equipes sugere. maneiras pelas quais os humanos se tornaram mais complexos do que os vermes.

Um vem da análise dos chamados domínios de proteína. As proteínas, as partes funcionais da célula, costumam ser ferramentas polivalentes, com cada função sendo desempenhada por uma seção ou domínio diferente da proteína. Muitos domínios de proteínas são muito antigos. Comparando os domínios das proteínas feitas pela lombriga, a mosca da fruta e as pessoas, o consórcio relata que apenas 7 por cento dos domínios de proteínas encontrados nas pessoas estavam ausentes na mosca e na verme, sugerindo que "poucos novos domínios de proteína foram inventados nos vertebrados linhagem." Mas esses domínios foram misturados e combinados na linha de vertebrados para criar proteínas mais complexas. .

A evolução inventou outra maneira engenhosa de aumentar a complexidade, que é dividir um gene em vários segmentos diferentes e usá-los em combinações diferentes para fazer proteínas diferentes. Os segmentos codificadores de proteínas de um gene são conhecidos como exons e o DNA intermediário como íntrons. A transcrição inicial de um gene é processada por uma peça delicada da maquinaria celular conhecida como spliceossomo, que remove todos os íntrons e une os exons. Às vezes, talvez por causa dos sinais dos íntrons que ainda não foram identificados, certos exons são ignorados e uma proteína diferente é produzida. A capacidade de produzir proteínas diferentes do mesmo gene é conhecida como splicing alternativo. Os biólogos do consórcio dizem que o splicing alternativo é mais comum em células humanas do que na mosca ou verme e que o conjunto completo de proteínas humanas pode ser cinco vezes maior que o do verme.

Outra possível fonte de complexidade extra é que as proteínas humanas têm açúcares e outros grupos químicos ligados a elas após a síntese.

Há uma explicação diferente para a complexidade humana, que é simplesmente que a nova figura baixa dos genes humanos derivados da Celera e do consórcio é uma contagem grosseira. O Dr. William Haseltine, presidente da Human Genome Sciences, há muito afirma que existem cerca de 120.000 genes humanos. . Dr. Haseltine. permanece inabalável em sua estimativa de 100.000 a 120.000 genes. Ele disse na semana passada que sua empresa havia capturado e sequenciado 90.000 genes completos, dos quais todas as formas alternativas de emenda e outras fontes usuais de confusão foram removidas. Ele fez e testou as proteínas de 10.000 desses genes. O consórcio e a Celera chegaram ao mesmo número baixo porque ambos estão usando os mesmos métodos falhos, em sua opinião. . O Dr. Haseltine observa que os métodos de descoberta de genes usados ​​pelas duas equipes dependem em parte da busca por genes como os já conhecidos, um procedimento que pode deixar passar tipos radicalmente diferentes de genes. Seu próprio método, capturando os genes produzidos por vários tipos de células humanas, é aquele que o Dr. Venter diz em seu artigo é o método definitivo de contagem de genes humanos. . O Dr. Eric S. Lander, do Instituto Whitehead, na semana passada, desafiou o Dr. Haseltine a tornar públicos todos os genes que ele havia encontrado em uma região de 1% do genoma e deixar que outros avaliassem sua afirmação. . O Dr. Haseltine disse ontem que estava considerando a melhor maneira de responder e que estava "planejando fazê-lo de uma forma ou de outra, na literatura aberta".

Mudando de genes para cromossomos, uma das descobertas mais interessantes nos artigos desta semana diz respeito a duplicações segmentares, ou a cópia de blocos inteiros de genes de um cromossomo para outro. Essas transferências em bloco são tão extensas que parecem ter sido um fator evolutivo importante no tamanho e na arquitetura atuais do genoma. Eles podem surgir por causa de um mecanismo de proteção no qual a célula reinsere fragmentos quebrados de DNA de volta nos cromossomos.

No artigo sobre o genoma da Celera, o Dr. Venter apresenta uma tabela mostrando a frequência com que blocos de genes semelhantes na mesma ordem podem ser encontrados em todo o genoma. O cromossomo 19 parece o maior devedor, ou talvez credor, com blocos de genes compartilhados com 16 outros cromossomos. . A duplicação segmentar é uma fonte importante de inovação porque o bloco copiado de genes é livre para desenvolver novas funções. .

A Celera ordenou que o computador civil mais poderoso do mundo calculasse como montar seu

27 milhões de fragmentos de 500 pares de bases em um genoma inteiro.

Seu rival, o consórcio público de centros acadêmicos, não sentia necessidade de um grande programa de computador e montagem porque sua estratégia de decodificação do genoma não exigia nenhum. Mas um biólogo computacional da Universidade da Califórnia, em Santa Cruz, cujo supervisor foi convidado para ajudar a identificar genes, percebeu que o genoma precisava ser montado antes que a identificação do gene pudesse começar. Em quatro semanas, Jim Kent escreveu um programa de montagem que colocou a confusão de fragmentos de DNA do consórcio em uma ordem coerente. Foi nessa sequência montada que se baseia a maior parte da análise do genoma do consórcio. Kent também escreveu um navegador, um programa que alinha os genes conhecidos e outras informações interpretativas em trilhas acima da seqüência real do genoma. Qualquer pessoa que queira fazer um tour pelo genoma humano, tendo o navegador de Kent como guia, pode fazer isso em genome.ucsc.edu. .

Uma das dicas mais intrigantes de que uma nova biologia pode ser descoberta no genoma vem de uma pesquisa inicial do genoma do camundongo, que a Celera disse esta semana que havia montado. Colocar a sequência do genoma do camundongo sobre a sequência humana é extremamente revelador porque a maior parte do DNA divergiu nos 100 milhões de anos desde que o camundongo e o homem compartilharam um ancestral comum pela última vez. As regiões de DNA que são semelhantes entre as duas espécies são importantes o suficiente para serem conservadas. De uma só vez, quase todos os genes se tornam visivelmente semelhantes. O mesmo acontece com muitas das regiões de controle do DNA que precedem os genes.

De acordo com um artigo de 21 de janeiro de 2003 no The New York Times por Andrew Pollack:

". RNA e DNA são cadeias de unidades químicas chamadas bases que incorporam o código genético. As bases são representadas pelas letras A, C, G e T no DNA ou U no RNA. A base C sempre se liga a G. A se liga apenas para T ou U. Assim, uma única fita de DNA ou RNA pode se ligar a outra fita que tenha as bases complementares. Sob o que é conhecido como o dogma central da genética, os genes, que são as receitas para a produção de proteínas, fazem parte do DNA dos cromossomos. Quando uma proteína deve ser produzida, o DNA é copiado em um pedaço correspondente de RNA de fita simples, conhecido como RNA mensageiro, que fornece a receita para o mecanismo de produção de proteínas da célula. As proteínas constituem a maior parte de um célula e executar a maioria de suas funções, incluindo ligar e desligar genes.

Mas novas evidências sugerem que algum RNA não é apenas o intermediário entre o DNA e a proteína, mas o produto final. Alguns trechos enormes de DNA que não contêm genes codificadores de proteínas e foram considerados "lixo", na verdade, contêm o código de parte desse RNA. .

. além do DNA contendo as receitas das proteínas, muito mais DNA estava sendo copiado para o RNA. Descobriu-se que o genoma do camundongo recentemente decifrado tem cerca de duas vezes mais em comum com o genoma humano do que poderia ser explicado pelos genes codificadores de proteínas. . Pelo menos parte dessa sobreposição parece ser genes que produzem RNA como seu produto final. O que todo esse RNA está fazendo não está claro. Mas evidências crescentes sugerem que pelo menos algum RNA está envolvido na regulação da maneira como os genes são ativados ou desativados. . a visão mais radical: que o RNA fornece o comando e o controle das células. Proteínas. são como tijolos e vigas. Mas o RNA determina se esses tijolos e vigas se tornarão edifícios de escritórios ou casas. Esta rede de RNA. fornece a complexidade que separa as formas de vida superiores das mais simples. . "

. Alguns genes. produzem minúsculos RNAs, conhecidos como micro-RNAs ou miRNAs, que têm cerca de 21 a 23 bases, ou letras, de comprimento. Os micro-RNAs se ligam a pedaços correspondentes de RNA mensageiro, transformando-o em uma fita dupla e impedindo-o de fazer seu trabalho. O processo efetivamente sufoca a produção da proteína correspondente. .

. Interferência de RNA, ou RNAi. & # 91 ocorre quando & # 93. RNA de fita dupla. silenciaria o gene correspondente a esse RNA. .

. pequenos RNAs ou siRNAs de interferência. & # 91 são & # 93. peças de cerca de 21 a 23 bases. Cada segmento curto atrai uma falange de enzimas. Juntos, eles procuram o RNA mensageiro que corresponde ao pequeno RNA e o destroem. .

. Os micro-RNAs parecem ser formados como trechos mais longos de RNA que se dobram sobre si mesmos como grampos de cabelo para criar fitas duplas. A sequência de bases é uma espécie de palíndromo, de modo que, quando ocorre a dobra, as bases complementares se alinham e os dois braços do grampo se unem. .

. pequenos RNAs se ligam aos cromossomos para desligar genes de forma mais permanente do que pode ser feito sufocando o RNA mensageiro. .

. vírus. às vezes criam RNA de fita dupla quando se replicam. As células de mamíferos, confrontadas com o RNA de fita dupla longa, basicamente se destroem como defesa contra patógenos. Mas, há dois anos, cientistas do Instituto Max Planck descobriram que o RNA de fita dupla curta, novamente com cerca de 21 a 23 bases, não acionaria a resposta autodestrutiva, mas silenciaria o gene correspondente. . "

De acordo com um artigo da BBC de 7 de julho de 2001 por Helen Briggs: ". Duas equipes rivais que decifraram o genoma humano podem ter subestimado o número de genes humanos, de acordo com uma nova análise de computador. Cientistas nos Estados Unidos afirmam

Os humanos são construídos a partir de 66.000 genes,

quase o dobro do consenso atual. . uma . A equipe, baseada na Ohio State University, em Columbus, Ohio, reanalisou os dados brutos, usando um supercomputador, e chegou a uma estimativa mais alta para o número de genes humanos. "Acabamos com um número estimado de genes maior do que as outras duas equipes porque comparamos 13 bancos de dados de genes diferentes com as sequências de DNA no esboço do genoma produzido pelo Projeto Genoma Humano", disse Bo Yuan, da Universidade Estadual de Ohio. . A discrepância parece surgir do processo usado para analisar os dados genéticos humanos. . O genoma é a lista completa de instruções codificadas necessárias para fazer uma pessoa. Existem 3,1 bilhões de letras no código do DNA em cada uma das 100 trilhões de células do corpo humano. Se todo o DNA do corpo humano fosse colocado de ponta a ponta, alcançaria o Sol e voltaria mais de 600 vezes. . Enterrados nessas instruções codificadas estão os genes - "sentenças" que contêm as instruções para as proteínas das quais o tecido humano é feito. Os genes ocupam apenas cerca de um centésimo do comprimento da enorme cadeia de DNA, dividida em 46 cromossomos em cada célula. Para pescar os genes, que estão escondidos entre a longa sequência contínua de letras, os cientistas contam com bancos de dados genéticos. . A equipe da Ohio State University diz que o mapa do genoma da Celera e, particularmente, o mapa do Projeto Genoma Humano se baseou principalmente em dois bancos de dados para localizar os genes. Eles usaram esses dois bancos de dados mais 11 outros. "Usamos mais evidências experimentais na montagem de nosso mapa, e isso sugere que há provavelmente entre 65.000 e 75.000 unidades de transcrição", disse o Dr. Yuan. Uma unidade de transcrição é um comprimento de DNA que mostra fortes evidências de ser um gene, mas que requer verificação futura. É aqui que surge a disputa. "Alguns pesquisadores estão inquietos com a certeza de que o Human Genome Consortium está apresentando sua contagem de genes mais baixa", disse Fred Wright, da Ohio State University. "Na minha opinião, o número final de genes - quando for conhecido - ficará em algum lugar entre o máximo de 40.000 e nosso valor de 70.000." . As discussões sobre quantos genes são necessários para construir um ser humano parecem destinadas a continuar. Um sorteio de genes organizado por cientistas que compareceram aos Encontros do Genoma Cold Spring Harbor nos Estados Unidos ainda está aceitando inscrições. Até o momento, foram realizadas 165 apostas, variando de 27.462 a 153.478 genes humanos. Até agora, o dinheiro está em 61.710. . "

Em cond-mat / 0204078, Jimenez-Montano, Mora-Basanez e Poschel dizem:

". o código genético pode ser representado por um hipercubo booleano de seis dimensões

em que os códons (na verdade, as palavras-código) ocupam os & # 91 2 ^ 6 = 64 & # 93 vértices (nós) de forma que todas as vizinhanças de parentesco sejam corretamente representadas. Esta abordagem é uma aplicação particular para sequências binárias de comprimento seis do conceito geral de espaço de sequência, introduzido pela primeira vez na teoria da codificação por Hamming.

. O hipercubo de seis dimensões.

. Cada nó é rotulado com o aminoácido correspondente.

. É bem conhecido no campo dos algoritmos genéticos que uma codificação adequada é crucial para o sucesso de um algoritmo. Além disso, em. R. A. Caruana e J. D. Schaffer, Representação e tendência oculta: Gray vs. codificação binária para algoritmos genéticos, em: J. Laird (ed.), Proceedings of the Fifth International Conference on Machine Learning, Morgan Kauffman Publ. Inc., 153-161 (San Mateo, 1988). . é mostrada a superioridade da codificação Gray sobre a codificação binária para o desempenho de um algoritmo genético. Como foi mostrado acima, a estrutura do código genético é precisamente a estrutura de um código de Gray. . "

Tai Hsuan Ching

Parece-me que a adivinhação védica e o Tai Shuan Ching são baseados no aspecto Trialidade da álgebra de Clifford Clifford 256-dimensional da IFA, enquanto I Ching se baseia na subálgebra Clifford 64-dimensional Cl (6) do Cl (8) de IFA.

  • Duchamp mudou de 8 Moldes Malic para 9 Moldes Malic
  • o Ogdoad hermético progrediu para o Enead
  • D4 45-dimensional progride para E6 no modelo D4-D5-E6-E7-E8 VoDou Physics (45 é o número total do I Ching Magic Square e a representação 27-dimensional de E6 é como a versão 27x27 Magic Square do Cubo Mágico Tai Hsuan Ching.)
  • os 8 Imortais mais Lao Zi são 9
  • meu Lo Pan contém os 8 trigramas do I Ching e referências às 9 Estrelas Móveis da Ursa Maior
  • O Timeu de Platão descreveu cosmogonia e música com potências de 2 e 3
  • O budismo chinês aumentou o 16 Lohan original para 18 Lohan
  • o 9x9 = 81 símbolos de mão de Ninja Kuji-in.

O Cubo Mágico 9x9x9 do Tai Hsuan Ching

4 Agradeço a Jeff Knox por corrigir meu erro na linha 1, col 5, onde escrevi 231 por engano.

Referências:

O site do I Ching de Chris Lofting, que tem muitas discussões filosóficas muito interessantes.

O site do I Ching de Christopher Garrity, que relaciona a Matriz I Ching 8x8 a uma Matriz das 8 Cores do SU (3) Força da Cor: branco, vermelho, azul e verde e suas cores complementares.

O site T'ai Hsuan Ching de Roger Clough tem muitas informações interessantes sobre o Tai Hsuan Ching.


Pares de base .jpg

No dia seguinte, estou de volta. As instruções me dizem para montar 18 moléculas de fosfato e 20 moléculas de açúcar desoxirribose. Eu faço os fosfatos anexando quatro átomos de oxigênio vermelhos a um átomo de fósforo roxo central usando tubos cinza (ligações covalentes). Em seguida, faço os açúcares desoxirribose construindo anéis pentagonais covalentemente ligados de quatro carbonos e um oxigênio, com anexos no perímetro compostos de átomos de hidrogênio, oxigênio e carbono. O "d" da desoxirribose é o "D" do DNA.

É um trabalho fácil e relaxante. É domingo à tarde e, embora esteja frio lá fora, sou aquecida pela luz do sol desobstruída que entra por uma janela do sul. O quarto é silencioso, tranquilo e aconchegante. Construir os fosfatos e açúcares é um exercício repetitivo. Minhas mãos deslizam tocos de plástico em tubos repetidamente enquanto minha mente vagueia. Eu me pergunto por que o DNA é um ácido quando ontem eu construí todas essas bases. Depois de terminar todas as moléculas, faço uma pausa para pesquisar isso. Os fosfatos que fiz são ácido fosfórico sem os núcleos do átomo de hidrogênio. No ácido fosfórico, três dos átomos de oxigênio ligados ao átomo de fósforo central também estão ligados a átomos de hidrogênio simples, os núcleos positivos (ou seja, prótons) dos quais podem ser doados. Como as bases de pirimidina e purina - como estou prestes a ver - estão no interior do DNA, e os ácidos fosfóricos estão do lado de fora, os ácidos fosfóricos dominam e o DNA é geralmente ácido.

Pilhas de bases.

Agora tenho pilhas organizadas de pares de bases, fosfatos e açúcares e estou pronto para colocá-los todos juntos no DNA da macromolécula. Devo dizer que a ordem de construção especificada nas instruções do modelo (cuidadosamente projetada para mãos humanas) não é a ordem de construção na realidade. Nos organismos vivos, o bloco de construção do DNA é o nucleotídeo: um fosfato ligado a um açúcar ligado a uma das quatro bases. O corpo humano produz nucleotídeos do zero no fígado ou os salva do RNA degradado (a ser introduzido mais tarde) e do DNA.

O suporte modelo que suportará o DNA é uma haste de 23 polegadas de altura em uma base de madeira de 15 polegadas de diâmetro. A haste penetra em 10 prateleiras de vidro acrílico espaçadas 2 polegadas verticalmente. As instruções do modelo especificam a sequência de pares de bases a serem colocados em cada prateleira de baixo para cima. Eu o sigo, não querendo cometer um erro. Os pares de bases planas ficam facilmente nas prateleiras. A certa altura, questiono por que estou preocupado em seguir a seqüência de pares de bases têm aproximadamente o mesmo comprimento e podem ser colocados com qualquer uma das quatro bases à esquerda e qualquer uma à direita. A verdade é que a ordem não importa para o modelo, mas para o DNA real, como veremos no próximo modelo, a ordem é o código da vida.

Com os 10 pares de bases no lugar, começo a anexar moléculas de açúcar. Um átomo de carbono em cada açúcar se liga covalentemente a um átomo de nitrogênio na extremidade de cada base. A etapa final é inserir e conectar os fosfatos entre os açúcares para produzir os dois esqueletos açúcar-fosfato. Antes de fazer isso, todas as prateleiras estão orientadas na mesma direção. Para que os fosfatos caibam entre os açúcares, preciso girar as prateleiras. Começo a inserir os fosfatos apenas de um lado, de baixo para cima. Eu sei que cada espinha dorsal do DNA tem a forma de uma hélice, mas estou surpreso com a quantidade de torção das prateleiras que tenho que fazer para encaixar os fosfatos. Sinto que estou sendo excessivamente agressivo.Eu continuo - confiando nas instruções que não me decepcionaram até agora - e, claro, tudo correu bem. O backbone acabado faz aproximadamente uma volta helicoidal. Insiro os fosfatos do outro lado para completar o segundo backbone e pronto. Passei algum tempo comparando o modelo a diagramas de DNA em um livro didático. Sim está correto!

Antes de passar para o próximo modelo, deixe-me descrever meu padrão recente de aprendizado. Eu caí nisso alguns anos atrás, enquanto lutava para entender a mecânica quântica, uma maravilha da ciência moderna. Os físicos falam sobre a dualidade onda-partícula. Os engenheiros o usam para projetar computadores. A mecânica quântica é certamente uma coisa bizarra e importante, mas o que diabos é isso ?! Eu queria saber.

Eu li livros populares de ciência. Existem muitos bons. E a partir desses livros, obtive uma pista. Mas eu queria mais do que uma pista, então procurei outras maneiras de aprender. Decidi focar minha atenção no experimento de dupla fenda, que incorpora os principais conceitos da mecânica quântica. Eu li livros técnicos, me esforçando para continuar, mesmo quando não estava compreendendo muito. Assisti a palestras online. Como último recurso, consultei a Wikipedia (não diga a minha esposa que eu digo a ela que qualquer pessoa pode escrever qualquer coisa lá).

Todo esse aprendizado passivo ajudou. Eu virei a esquina no entendimento, no entanto, quando decidi tentar realizar o experimento da fenda dupla sozinho. Fiz em casa com um apontador laser. Agora as coisas estavam começando a fazer sentido. Desenhei o padrão de interferência da luz. Brinquei com a matemática das ondas. Neurônios em meu cérebro estavam disparando. Encorajado, entrei em contato com universidades em busca de um laboratório com o aparato experimental de dupla fenda. Eu voei pelo país de minha casa em Portland, Oregon, para Providence, Rhode Island, para observar o experimento realizado um fóton por vez na Brown University. Alcancei meu objetivo de nível de compreensão por meio do aprendizado ativo.

Fazer disso um projeto - essa era a chave.

Para aprender sobre a relatividade geral, testemunhei cientistas reproduzirem o famoso experimento do eclipse de 1919 de Sir Arthur Eddington durante o eclipse solar de 21 de agosto de 2017. Ao descobrir como a luz de estrelas distantes se curva ao passar pelo sol massivo, passei a apreciar os princípios de Teoria da gravidade de Einstein.

Agora estou no DNA: o que é e como funciona. Comecei com livros populares de ciência (por exemplo, DNA por James Watson), livros didáticos (por exemplo Biologia Molecular do Gene por Watson, Hopkins, Roberts, Steitz e Weiner), e uma série de palestras em vídeo (Compreendendo a genética: DNA, genes e suas aplicações no mundo real por David Sadava). Então comecei meu projeto: construção de maquete. Primeiro construí o modelo de bola e pau, como você viu. Agora estou trabalhando em um modelo que mostra como o DNA se copia e como as proteínas são feitas.

O Kit de modelo de síntese de proteínas de DNA-RNA da Lab-Aids que comprei online foi projetado para ser usado por alunos em uma sala de aula sob a orientação de um professor. Enquanto estou desempacotando as peças de plástico do kit no carpete de nosso quarto de hóspedes, me sinto como uma professora trabalhando no modelo para ter certeza de que sei o que estou fazendo antes de guiar os alunos por ele. Eu tenho o Guia do Professor!

O primeiro passo é construir a molécula de DNA, que será muito mais simples do que o modelo ball-and-stick que construí antes. Neste modelo, cada base, fosfato e açúcar é um pedaço de plástico. Cada molécula de base é um tubo macio de 25 milímetros de comprimento. T é verde, A é laranja, C é azul e G é amarelo. Cada molécula de fosfato é um tubo branco macio de 25 milímetros de comprimento. Cada molécula de açúcar é um pequeno pentágono preto com tocos.

As instruções dizem para fazer 18 nucleotídeos. Eu sei o que é um nucleotídeo do modelo anterior: um fosfato ligado a um açúcar ligado a uma das quatro bases. Eu faço cada nucleotídeo deslizando um tubo de fosfato e um tubo de base em tocos do pentágono de açúcar. Cinco nucleotídeos são feitos com T, cinco com A, quatro com C e quatro com G. Eu sei do modelo anterior que T pares com A e C pares com G, então o número de bases T é igual ao número de bases A e o número de bases C é igual ao número de bases G (esta é a regra de pareamento de bases de Chargaff).

Eu faço duas "meias-escadas" de nove nucleotídeos cada. Em seguida, coloco-os lado a lado e conecto os pares de bases usando pequenas hastes - representando ligações de hidrogênio - que deslizam para dentro dos tubos de base. O resultado é uma molécula de DNA de 11,5 polegadas em forma de escada, com nove degraus de pares de bases. É plano. O Guia do Aluno não diz nada neste ponto sobre a forma da molécula de DNA. Depois de consultar o Guia do Professor, concluo que esta é uma oportunidade para perguntar aos alunos sobre a forma. Como o modelo é construído com tubos de plástico flexíveis, ele pode ser torcido na forma de uma dupla hélice. Eu faço isso de novo e de novo, nunca envelhece.


Representação de cadeia na versão do DNA do Código Genético - Biologia

Um segmento de DNA que codifica uma prote�a tem normalmente uma cadeia? Com ​​sentido? E uma cadeia complementar? Anti-sentido? Que actua como molde para a polimerase de ARN. Convencionalmente, a fita sense é considerada como codificando a proteína, uma vez que tem a mesma sequência do mRNA. Foi chamada a atenção para a possibilidade de quadros de leitura abertos longos na cadeia anti-sentido que podem codificar proteínas "anti-sentido" (Meckler 1969 Biro 1981a, b Blalock e Smith 1984 Merino et al. 1994). Códons para aminoácidos hidrofílicos e hidrofóbicos na fita sense podem às vezes ser complementados, na estrutura, por códons para aminoácidos hidrofóbicos e hidrofílicos na fita antisense. Além disso, as proteínas antisense às vezes podem interagir com alta especificidade com as proteínas de sentido correspondentes (Blalock e Bost 1986 Blalock 1990 Clarke e Blalock 1991). As interações envolvem múltiplos contatos ao longo do comprimento das cadeias polipeptídicas (Tropsha et al. 1992).

Yomo e colaboradores (1992) interpretaram a descoberta de longos quadros de leitura aberta antisense em certos genes de plasmídeo como indicando que alguma "força desconhecida" está protegendo os quadros de mutações que geram códons de parada. Recentemente, Yomo e Urabe (1994) generalizaram esses argumentos levando em consideração a observação de que as frequências dos códons individuais nas fitas sense são frequentemente semelhantes às suas frequências nas fitas antisense (quando lidas na mesma fase e com a polaridade correta Alff- Steinberger 1984, 1987 Yomo e Ohno 1989). Outros sugeriram que o código genético pode ter evoluído inicialmente para favorecer o surgimento simultâneo de peptídeos sense e antisense (Alff-Steinberger 1984 Zull & amp Smith 1990 Konecny ​​et al. 1993).

A relevância fisiológica dos fenômenos antisense ao nível do RNA está bem estabelecida (por exemplo, Tomizawa 1984). No entanto, os fenômenos antisense no nível da proteína são mais controversos (Goldstein e Brutlag 1989 Eberle e Huber 1991 Tropsha et al. 1992 Moser et al. 1993). Eu aqui aponto que muitos fenômenos antisense no nível da proteína podem ser interpretados como subprodutos incidentais de

(i) a evolução das interações entre códons de mRNA e anticódons de tRNA (Eigen & amp Schuster 1978),

(ii) o ajuste fino da composição de base para evitar inter recombinação de espécies ("pressão GC / AT" Filipsky 1990), e

(iii) o ajuste fino do potencial de formação de laço de haste para promover intra recombinação de espécies ("pressão de dobra" Forsdyke 1995b-d).

Quadros sem interrupção usam o mesmo quadro que ORFs

Um longo quadro de leitura aberto só pode existir na fita antisense se não houver códons de parada. Seguindo a convenção de Yomo et al. (1992), aqui me refiro a esses quadros como quadros sem interrupção (NSFs), para distingui-los dos quadros de leitura aberta (ORFs) da fita de sentido.

Considerando o contexto das interações entre os códons e seus anticódons tRNA cognatos, foi proposto que o código genético moderno evoluiu de um código tripleto prototípico de forma geral. RNY, Onde R é uma base purina, N é qualquer base, e Y é uma base pirimidina (Eigen e Schuster 1978 Bossi e Roth, 1980). Traços desse código parecem estar presentes em alguns genes modernos e às vezes podem ser usados ​​para prever ORFs (Shepherd 1982). Assim, para simplificar, podemos escrever uma sequência de DNA que codifica uma proteína como uma série de RNY códons.

Figura 1 . O código tripleto prototípico proposto (RNY) prevê uma relação única entre quadros de leitura em fitas sense e antisense de DNA. CSF1, CSF2, CSF3 referem-se aos três quadros na fita de sentido de codificação. CAF1, CAF2, CAF3 referem-se aos três quadros correspondentes em uma fita anti-sentido de codificação. As caixas com setas indicam a polaridade dos tripletos de codificação (5 '- & gt 3').

A Figura 1 mostra isso para os três quadros em uma fita de codificação de sentido (CSF1, CSF2, CSF3) e para os três quadros correspondentes em uma fita de codificação anti-sentido (CAF1, CAF2, CAF3). É visto que o ORF designado CSF1 é o quadro na vertente de sentido que corresponde a RNY. Da mesma forma, CAF1 é o único quadro na fita antisense que corresponde a RNY. Assim, um NSF antisense deve geralmente estar no mesmo quadro que o da ORF correspondente (Alff-Steinberger 1987). Também pode ser visto que CSF2 (NYR) corresponde a CAF3, não CAF2. Da mesma forma, CSF3 (YRN) corresponde a CAF2, não CAF3. Isso foi recentemente confirmado por Yomo e Urabe (1994) em um estudo de conjuntos de códons longos gerados pela combinação E. coli regiões de codificação em uma longa sequência. Assim, seus resultados são consistentes com a proposta de um protótipo RNY código, bem como com a existência de genes na fita antisense (como eles sugerem).

Se não houver códons de parada (MARCAÇÃO, TAA, TGA) no NSF, então não pode haver códons complementares (CTA, TTA, TCA) na ORF correspondente. CTA e TTA código para leucina. TCA códigos para serina. Esses dois aminoácidos são encontrados freqüentemente nas proteínas. Assim, exceto para um ORF improvável sem leucina ou serina, se haverá um NSF longo depende de quais códons sinônimos para leucina e serina são usados ​​no ORF correspondente. Leucina e serina são dois dos três aminoácidos para os quais existem seis códons sinônimos. Um fator importante que determina a escolha do códon é a pressão específica da espécie sobre um genoma para adotar um determinado (G+C)% composição de base (& quotGC / AT pressão & quot revisado por Filipski 1990). NO-codons ricos são usados ​​raramente em espécies com um alto (G+C)% (ou seja, RNY geralmente é GNC).

Na Figura 2a, as frequências médias combinadas dos usos de CTA, TTA e TCA como códons em conjuntos de genes de várias espécies são plotados contra as percentagens médias correspondentes de G+C em regiões de codificação calculadas a partir da frequência e GC conteúdo de todos os códons de cada conjunto de genes. Este último deve fornecer uma medida de GC / AT pressão. Os dados são retirados dos perfis de uso de códons de espécies de Wada et al. (1990). A ordenada direita mostra o comprimento médio de NSF esperado em valores particulares de uso de CTA, TTA e TCA. Assim, 1% de uso dos códons implica um NSF médio de 100 códons. Um exemplo extremo é Rhodobacter capsulatum (RCA) que usa CTA, TTA e TCA a uma frequência de apenas 0,05%, implicando em um NSF médio de 2.000 códons nos 21 genes examinados por Wada et al. (1990).

Figura 2 . O comprimento potencial de quadros de leitura abertos na fita antisense (NSF) aumenta à medida que (G+C)% do total de códons aumenta. Tabelas de uso de códons para várias espécies foram usadas para calcular a soma das frequências de (a) os códons CTA, TTA e TCA, que são os complementos dos códons de parada (MARCAÇÃO, TAA, TGA), e (b) os códons GTA e ATA, que são membros do conjunto de códons de forma geral NTA. Do conhecimento da frequência e GC conteúdo de códons individuais, o geral GC o conteúdo das regiões de codificação utilizadas para a construção das tabelas também foi calculado (abscissa). Os pontos de dados para espécies individuais são mostrados como círculos preenchidos. Os pontos de dados para genes de plasmídeo que codificam enzimas que degradam os oligômeros de náilon são mostrados como triângulos.

Enquanto o (G+C)% aumenta, códons preferidos tornam-se cada vez mais GC-rich, e o uso combinado do NOcódons ricos CTA, TTA e TCA diminui. Verificou-se empiricamente que existe uma relação aproximadamente retilínea entre o logaritmo da soma das percentagens de CTA, TTA e TCA, e a média (G+C)% das regiões de codificação correspondentes. No entanto, em alta G+C percentagens, valores para a frequência de CTA+TTA+TCA para duas espécies, Azotobacter vinelandii (AVI) e Rhodobacter capsulatus, estão abaixo do limite inferior do intervalo de predição de 95% (estimado usando o software de estatística Minitab Ryan e Joiner 1994). TCA participa igualmente com CTA e TTA em diminuir na frequência desproporcionalmente em alto (G+C)% nessas espécies. Uma espécie com mais GCcódons ricos, Streptomyces (STM), permanece próximo à linha de regressão.

A divergência também é aparente no caso de GC- genes de plasmídeo ricos (mostrados como triângulos), que codificam enzimas degradantes de náilon bacterianas (Yomo, Urabe e Okada 1992). Exceto pelo gene NA26AHDH, os valores para a soma das percentagens de CTA+TTA+TCA já que os códons nesses genes são zero (correspondendo a um NSF médio completamente aberto). O valor para NA26AHDH está próximo da linha de regressão e corresponde a um NSF médio de 400 códons. No entanto, a diferença entre NA26AHDH e os outros genes de plasmídeo são devidos apenas a 1 codon (TCA está presente uma vez em NA26AHDH) Em uma série de apenas quatro genes, essa diferença não é estatisticamente significativa, portanto, não apóia a sugestão de que haja algum mecanismo especial protegendo os NSFs do plasmídeo de acumular mutações que geram códons de parada (Yomo et al 19921994). Pode-se esperar que tal mecanismo especial afete apenas CTA, TTA e TCA. No entanto, nos plasmídeos existem frequências zero não apenas desses códons, mas também de sete dos oito códons da fórmula geral. C3 (por exemplo. TTT, ATA, etc.), e de cerca de metade dos 24 códons da fórmula geral C2S (por exemplo. AGA, TGT, etc.). Parece provável que, como sugerido por Ikehara e Okazawa (1993), os genes do plasmídeo estão apenas respondendo a GC / AT pressão, e não para alguma "força desconhecida".

Assumindo que a linha de regressão observada (Fig. 2a) é uma representação próxima da relação entre GC / AT pressão e as frequências de CTA+TTA+TCA, então as espécies cujas frequências desses códons caem perto da linha de regressão pareceriam estar respondendo simplesmente a GC / AT pressão. As espécies cujas frequências dos códons divergem significativamente abaixo da linha em alto GC / AT as pressões dariam algum crédito ao postulado da & quot força desconhecida & quot.

O NSF médio para tudo os 37 genes de Azotobacter vinelandii, e para tudo os 21 genes de Rhodobacter capsulatus (que foram estudados por Wada et al. 1990), é maior do que o previsto pela linha de regressão. A "força desconhecida" parece ter agido sobre todos os genes dessas espécies. Pareceria improvável que todos os 58 genes tivessem flexibilidade suficiente na codificação do produto de fita sense para permitir a evolução de um produto de fita antisense útil. Assim, ou as pressões para formar cada proteína antisense não têm feito com que esses genes percam CTA, TTA e TCA, ou a única maneira de a pressão para formar a proteína antisense funcionar é comprometendo vários genes de "observador inocente" com a mesma estratégia, isto é, a evolução de um produto antisense particular foi tão vantajosa que todos os genes no organismo foram obrigados a responder a alguma "força desconhecida" a fim de adquirir o potencial para gerar um produto antisense. Alternativamente, os organismos podem estar respondendo a alguma espécie intrínseca específica "força desconhecida", cujas consequências cegas seriam NSFs mais longas do que o previsto (G+C)%.

Papel para a pressão do TpA no Rhodobacter?

No Rhodobacter capsulatus dois códons de forma geral NTA (CTA e TTA) têm frequência zero e TCA tem uma frequência de 0,05%. O último valor é o mais baixo de todas as espécies tabuladas por Wada et al. (1990), exceto para Azotobacter vinelandii (0,01%). Os valores baixos não são específicos para esses três códons. A Figura 2b mostra gráficos das frequências combinadas de dois outros códons de forma geral NTA (GTA, codificando valina ATA, codificação de isoleucina). Como na Figura 2a, a maioria dos pontos de dados estão próximos da linha de regressão. O ponto correspondente a Rhodobacter capsulatus diverge abaixo da linha de regressão. Na verdade, nesta espécie, o uso de GTA + ATA é zero, que está além do intervalo de previsão de 95% (Ryan e Joiner, 1994). Assim, é possível que a divergência possa ser atribuída, em parte, a & quot TpA pressão ?, que é uma pressão? conhecida? mas não bem compreendida (Nussinov 1984 Alff-Steinberger, 1987 Barrai et al. 1991). A pressão de TpA afeta todos os códons de formas gerais NTA e BRONZEADO (Forsdyke, 1995d).

O ponto correspondente a Azotobacter vinelandii está mais próximo da linha de regressão e dentro do intervalo de predição de 95%. Nesta espécie, os usos médios de GTA e ATA são 0,27% e 0,06%, respectivamente. Com relação a esses códons, este organismo pode simplesmente estar respondendo a GC / AT pressão. Assim TpA pressão não parece explicar os baixos níveis de CTA e TTA no Azotobacter vinelandii. Aqui, o postulado da & quot força desconhecida & quot pode ser válido.

Freqüências de códon semelhantes em cadeias de sentido e anti-sentido

As cadeias com sentido e anti-sentido têm frequências de códons semelhantes em vários organismos (Alff-Steinberger 1984, 1987). Além disso, os trinucleotídeos com potencial para codificar aminoácidos hidrofílicos (por exemplo GAA glutamato), estão presentes aproximadamente nas mesmas frequências que seus complementos, que muitas vezes têm o potencial de codificar aminoácidos hidrofóbicos (por exemplo, UUC fenilalanina). No entanto, estudos das frequências de dinucleotídeos (Nussinov 1984), trinucleotídeos (Yomo e Ohno 1989 Ohno e Yomo 1991) e oligonucleotídeos superiores (Pradhu 1993), mostram que esta é uma característica geral das sequências de DNA, Ambas codificação e na não codificação.

Uma explicação para isso, proposta por Nussinov (1982), era que o DNA pode conter várias repetições invertidas. Isso conferiria ao DNA a capacidade de formar estruturas em forma de tronco e alça, cruciformes.Na verdade, a evidência obtida pela comparação das estruturas dobradas ótimas de "janelas" em sequências naturais com as estruturas dobradas ótimas das mesmas janelas nas quais a ordem das bases foi randomizada, sugere que todas as sequências de DNA estiveram sob uma pressão de seleção evolutiva para maximizar a capacidade de formar estruturas de haste-alça locais (& quot pressão de dobra & quot). Isso afeta regiões codificantes e não codificantes de proteínas (íntrons e regiões intergênicas Forsdyke 1995b, c).

Fig. 3. Se houver palíndromos nos exons, então há um potencial para que as proteínas sense e antisense tenham motivos em comum. Superior: Os códons no DNA duplex, que adotou configurações cruciformes, são mostrados como caixas com pontas de seta, como na Figura 1. Códons que se complementam para formar as hastes das alças de haste são mostrados dentro de caixas. Os aminoácidos correspondentes a cada códon são mostrados em letras em negrito. Diminuir: Sequência de aminoácidos das proteínas sense e antisense derivadas da sequência de DNA acima. Os aminoácidos em caixas representam motivos presentes em ambas as sequências.

A consequência automática disso para as sequências de proteínas foi apontada por Ohno e Yomo (1991) e é ilustrada na Figura 3. Alguns motivos presentes em proteínas derivadas de fita sense também estarão presentes nas proteínas derivadas de fita antisense. Assim, as propriedades do último podem incluir algumas daquelas do primeiro. Uma vez que, sob condições apropriadas, as proteínas podem ser induzidas à auto-agregação (Lauffer 1975 Forsdyke 1994, 1995a), existe a possibilidade de reação de proteínas derivadas de fita com sentido com as proteínas "quase próprias" correspondentes codificadas por fitas anti-sentido. Caso esta ou qualquer outra propriedade da proteína antisense se mostre vantajosa, então haveria a possibilidade de uma seleção evolutiva adicional, o que poderia resultar em uma modificação adicional das proteínas derivadas de sentido e antisense. No entanto, para esta oportunidade de surgir, duas forças evolutivas anteriores provavelmente agiram. Primeiro, GC- a pressão deveria ter modificado o genoma de forma que NSFs longos fossem viáveis. Em segundo lugar, a pressão dobrada deve ter atingido o equilíbrio com outras forças seletivas que atuam na proteína. Conforme discutido em outro lugar (Forsdyke 1995b), uma seção de DNA que codifica uma proteína pode se adaptar à pressão de dobra por

  • (i) adotar um códon sinônimo apropriado, ou
  • (ii) permitindo uma mudança conservadora de aminoácidos, ou por
  • (iii) codificar a proteína em unidades discretas (éxons) interrompidas por sequências onde o potencial de haste-alça é menos restrito (íntrons).

Reconhecimentos. Agradeço a D. Bray, da Queen's University StatLab, pelo conselho, e a I. Chaiken, pela ajuda no rastreamento da literatura antisense inicial. O trabalho foi financiado por uma bolsa do Conselho de Pesquisa Médica do Canadá.

Alff-Steinberger C (1984) Evidência para um padrão de codificação na fita não codificadora do E. coli genoma. Res de ácidos nucléicos 12:2235-2241

Alff-Steinberger C (1987) Codon usage in Homo sapiens: Evidência de um padrão de codificação na fita não codificadora e implicações evolutivas da discriminação de dinucleotídeos. J Theor Biol 124:89-95

Barrai I, Scapoli C, Gambari R, Brugnoli F (1991) Frequencies of codons in histones, tubulins and fibrinogen: bias devido à interferência entre os sinais de transcrição e a função da proteína. J Theor Biol 152:405-426

Biro J (1981a) A codificação complementar de algumas proteínas como a possível fonte de especificidade nas interações proteína-proteína. Hipótese Med 7:981-993

Biro J (1981b) Modelos de expressão gênica baseados na codificação complementar sequencial de algumas proteínas pituitárias. Hipótese Med 7:995-1007

Blalock JE (1990) Complementarity of peptides especificado pelas cadeias de DNA "quotsense" e "quotantisense". Trends Biotechnol 8:140-144

Blalock JE, Bost KL (1986) The binding of peptides que são especificados por RNAs complementares. Biochem J 234:679-683

Blalock JE, Smith EM (1984) Hydropathic anti-complementarity of aminoácidos com base no código genético. Biochem Biophys Res Commun 121:203-207

Bossi L, Roth JR (1980) A influência do contexto do códon na tradução do código genético. Natureza 286:123-127

Clarke BL, Blalock JE (1991) Characteristics of peptides specific by antisense nucleic acid. In: Mol JNM, Van der Krol A (eds) Ácidos nucléicos e proteínas anti-sentido . M Dekker Inc, Basel, pp 169-185

Eberle AN, Huber M (1991) Antisense peptides of ACTH and MSH: tools for receptor Isolamento? In: Mol JNM, Van der Krol A (eds) Ácidos nucléicos e proteínas antisense . M. Dekker Inc, Basel, pp 187-203

Eigen M, Schuster P (1978) The hypercycle. Um princípio de organização natural. Naturwissenschaft 65:341-369

Filipski J (1990) Evolution of DNA sequence. Contribuições do viés mutacional e seleção para a origem dos compartimentos cromossômicos. Adv Mutagenesis Res 2:1-54

Forsdyke DR (1994) Relação da compensação da dosagem do cromossomo X à autodiscriminação intracelular / não autodiscriminadora: uma resolução do paradoxo de Muller? J Theor Biol 167:7-12

Forsdyke DR (1995a) Auto-agregação de proteínas conduzidas por entropia como base para a autodiscriminação / não-autodiscriminação no citosol aglomerado. J Biol Sys 3:273-287

Forsdyke DR (1995b) Um modelo stem-loop & quotkissing & quot para o início da recombinação e a origem dos íntrons. Mol Biol Evol 12:949-958.

Forsdyke DR (1995c [na verdade 1996]) Diferentes espécies biológicas "difundem" seus DNAs em diferentes (G + C)% de "comprimentos de onda". J Theor Biol 178:405-417.

Forsdyke DR (1995d) Papéis relativos da sequência primária e (G+C)% na determinação da hierarquia de frequências de pares de trinucleotídeos complementares em DNAs de diferentes espécies. J Mol Evol 41: 573-581.

Goldstein A, Brutlag DL (1989) Existe uma relação entre sequências de DNA que codificam ligantes peptídicos e seus receptores? Proc Natl Acad Sci USA 86:42-45

Ikehara K, Okazawa E (1993) Sequências de nucleotídeos incomumente enviesadas em fitas de sentido de Flavobacterium sp. genes produzem quadros ininterruptos nas fitas antisense correspondentes. Res de ácidos nucléicos 21:2193-2199

Konecny ​​J, Eckert M, Schoniger M, Hofacker GL (1993) Adaptação neutra do código genético para codificação de fita dupla. J Mol Evol 36:407-416

Lauffer MA (1975) Processos Orientados por Entropia em Biologia . Springer-Verlag, Nova York

Meckler LB (1969) Interações seletivas específicas entre resíduos de aminoácidos de cadeias de peptídeos. Biofizika 14:581-584

Merino E, Balbas P, Puente JL, Bolivar F (1994) Antisense overlapping open reading frames in genes for bactéria to humanos. Res de ácidos nucléicos 22:1903-1908

Moser M, Oesch B, Bueler H (1993) An antiprion protein? Natureza 362:213-214

Murchie AIH, Bowater R, Aboul-ela F, Lilley DMJ (1992) Helix opening transitions in supercoiled DNA. Biochem Biophys Acta 1131:1-15

Nussinov R (1982) Algumas indicações para duplicação inversa de DNA. J Theor Biol 95:783-793

Nussinov R (1984) Frequências duplas em grupos evolutivamente distintos. Res de ácidos nucléicos 12:1749-1763

Ohno S, Yomo T (1991) A regra gramatical para todo o DNA: lixo e sequências codificantes. Eletroforese 12:103-108

Pradhu VV (1993) Simetria observações em longas sequências de nucleotídeos. Res de ácidos nucléicos 21:2797-2800

Ryan BF, Joiner BL (1994) Manual do Minitab . Publicação Wadsworth, Belmont, Califórnia. 3ª edição. pp 287-288

Shepherd JCW (1982) From primeval message to present day gene. Cold Spring Harb Symp Quant Biol 47:1099-1108

Tomizawa J (1984) Control of ColE1 plasmid replication: the process of binding of RNA I to the primer transcript. Célula 38:861-870

Tropsha A, Kizer JS, Chaiken IM (1992) Fazendo sentido do antisense: uma revisão de dados experimentais e desenvolvimento de ideias sobre o reconhecimento de peptídeo sentido-antisense. J Molec Recog 5:43-54

Wada K, Aota S, Tsuchiya R, Ishibashi F, Gojobori T, Ikemura T (1990) Codon use tabulated from the GenBank genetic sequence data. Res de ácidos nucléicos 18:2367-2403

Yomo T, Ohno S (1989) Concordant evolution of coding and non-coding region of DNA tornado possível by the universal rule of TA / CG deficiência-TG / CT excesso. Proc Natl Acad Sci USA 86:8452-8456

Yomo T, Urabe I, Okada H (1992) No stop codons nas fitas antisense dos genes para a degradação do oligômero de náilon. Proc Natl Acad Sci USA 89:3780-3784

Yomo T, Urabe I (1994) Uma simetria específica de quadro de fita complementar de DNA sugere a existência de genes na fita antisense. J Mol Evol 38:113-120.

Zull JE, Smith SK (1990) A redundância do código genético está relacionada à retenção de informações estruturais em ambas as fitas de DNA? Trends Biochem Sci 15:257-261

Voltou para: Pagina inicial (Clique aqui)

Voltou para: Bioinformática (Genômica) (Clique aqui)


Preparando seu CHIP pessoal que lhe permitirá viver uma vida imortal. Uma vida em um mundo de pessoas que preferem ser como um deus em vez de se amar e permitir que o outro seja antes de você. Próxima Nova arma usada contra você. & # 8220Faça o que eu digo ou morra uma morte prematura? & # 8221 A ONDA DO DNA! Usando seus próprios genomas para trazer uma vida perfeitamente saudável aos 25 anos de idade e a vida de todos que você ama. Armas emocionais contra você e aqueles que você ama. Peça ao Espírito Santo para se juntar a você enquanto você descobre informações deste novo mundo. Lembre-se: Jesus Cristo não tinha essa informação e foi capaz de curar aqueles ao seu redor e depois seguir em frente para uma Vida Imortal. Eles NÃO tinham PODER sobre ELE!

Quem criou os & # 8216aliens & # 8217. DEUS, é claro & # 8230. Se você não acredita em Deus & # 8211, então você não acredita em alienígenas & # 8230

isso significa que os alienígenas ejacularam no espaço? O esperma congelou e desceu para planetas onde os óvulos estavam apenas esperando para serem fertilizados? Desculpe, não pude evitar.

Está ok. Agora vá jantar & # 8216cuz acho que sua mãe está ligando para você.

Não existe & # 8220junk DNA & # 8221, existe DNA que não entendemos.

Mas é assim que é chamado em muitos círculos. É por isso que eles colocam aspas nessa frase.

Sim, eu sei que é assim que eles chamam. Só tive um ano de biologia na faculdade, mas sempre achei que deviam chamar de DNA que a gente ainda não entende.

Bem, aparentemente existe algum DNA que desempenha muito pouca ou nenhuma função, e o que é chamado de DNA lixo é simplesmente DNA que não codifica para proteínas. Por esta razão, o DNA não codificador é o que deveríamos chamar de DNA em si, e sim, há muito que ainda não entendemos sobre isso, incluindo encontrar funções para DNA que se pensava anteriormente ser não funcional, embora seja altamente improvável que seja o caso para todo DNA não-codificante considerado não funcional. É provável que, enterrado profundamente no que antes era chamado de lixo DAN no atacado, haja na verdade algum, embora significativamente menos do que se pensava anteriormente, verdadeiro & # 8220junk & # 8221 DNA.

O reino do que nós, incluindo cientistas, não entendemos é enorme e acho que é arrogante e egoísta da parte dos cientistas simplesmente escrever as coisas como & # 8220Junk. & # 8221 Só porque eles não podem & # 8217t encontrar algo útil do O DNA que parece vazio e inútil não significa que essa é a última e última palavra. Devido às limitações dos cientistas e teorias estreitamente construídas, eles poderiam facilmente ignorar e não saber o que realmente existe no DNA aparentemente lixo. Na maior parte do mundo, os cientistas incluídos pensam principalmente de forma linear, o que torna mais fácil para eles desconsiderar qualquer coisa que não se encaixe em sua linha de pensamento. Tome, por exemplo, & # 8220 Além do tempo e do espaço. & # 8221 Isso é algo que não pode ser provado que existe com equações matemáticas, teorias ou fórmulas escritas. No entanto, uma vez na minha vida eu pessoalmente experimentei estar neste estado de consciência de ser e enquanto eu estava lá, eu senti a incrível experiência inegável da vibração e poder da criação e foi tão incrivelmente lindo que eu nunca quis vir de volta, mas isso não dependia de mim, pois eu estava lentamente escorregando para a velocidade da luz e estava de volta. Oh, como eu gostaria de poder descobrir como cheguei lá, mas o mais importante é que eu estava lá e sou sempre grato por essa experiência e aquela experiência gravada em um lugar em meu coração para o resto da minha vida que me mudou para sempre sobre. Existem tantas coisas que não cabem na mente limitada, mas existe uma força maior que mantém este universo unido.

Já pensou que o que vivenciou foi realmente apenas um sonho?

Quando eu tenho um sonho, fica claro para mim que é exatamente o que foi e quando me concentro internamente na meditação, a experiência que tenho ali também é muito clara para mim e sei sem dúvida que o que sinto é a experiência disso. é a realidade de sentir Felicidade e Paz que permanece comigo durante todo o dia.

Isso é muito interessante, você é um dos sortudos, por ter vivenciado o que passou.
Em outra nota ..
Eu sei que é apenas um filme, mas o cerne da história de Prometeu é muito mais comprável para mim e, pessoalmente, aceito o que provavelmente aconteceu aqui na terra com relação a nós, humanos, e o resto dos animais neste planeta.
Eu também acredito que a história básica por trás da Bíblia pode ser verdadeira, mas ao invés de Deus, Jesus, anjos, etc, esses personagens eram na verdade uma raça extraterrestre

Por mais intrigantes que sejam as muitas coisas que nós & # 8220 acreditamos & # 8221, a coisa mais importante em nossas vidas é o que realmente & # 8220Sabemos & # 8221 temos & # 8220Sabemos & # 8221 de. A vida de quase todo mundo & # 8217s, incluindo a minha própria, é construída principalmente sobre coisas em que & # 8220 acreditamos & # 8221, que nada mais é do que aquele vazio que não tem valor. Não há nada de errado em estudar Mestres, Escrituras, Escritos históricos, Alienígenas e Extraterrestres do passado, bem como as quase incontáveis ​​facetas do Universo, mas as primeiras coisas primeiro Você é feliz? Por quê você está aqui? Você conhece o seu propósito na vida? Eu sei por mim mesmo que todas as principais questões da vida que eu tinha foram respondidas quando, & # 8220 eu recebi o Conhecimento do meu verdadeiro eu & # 8221 e eu soube instantaneamente QUEM eu era e soube instantaneamente meu propósito na vida, e eu instantaneamente Soube como se conectar com a verdadeira e verdadeira paz / felicidade em minha vida que sempre esteve e sempre esteve dentro de mim. E, a grande coisa é, ele também está dentro de cada ser humano vivo nesta Terra.

Já li muitos dos comentários sobre este tópico expressando diferentes opiniões sobre a Bíblia e devo dizer, por experiência própria, que o que encontro me torna o mais completo e sentindo a experiência de felicidade, paz, alegria ou qualquer palavra, palavra ou frase de palavras que alguém escolha para expressar aquele sentimento mais maravilhoso dentro de mim. Este sentimento não se limita a mim, mas existe em cada ser humano vivo na face desta terra. Cada ser humano nasce com esse sentimento inato de paz e felicidade dentro de si. Por que um bebê ri e dá risadinhas quando não há ninguém por perto, porque eles sentem aquela felicidade inata dentro de si mesmos. À medida que envelhecemos e somos apresentados a mais coisas neste mundo que vemos, tocamos e sentimos, onde nossa atenção é atraída cada vez mais para fora daquele lugar de felicidade dentro de nós. Então, um dia, não reconhecemos nem nos lembramos mais daquele lugar de felicidade dentro de nós. Sócrates e vários outros disseram: & # 8220Conheça a si mesmo. & # 8221 O conhecimento de si mesmo é o lugar dentro de nós onde as respostas da vida existem e é o lugar onde é possível sentir paz e felicidade a cada dia de nossa vida.

Muito bem colocado. Mas não se preocupe em explicar isso aos outros & # 8230. isso só os irrita

Quem não é desta Terra & # 8230
& # 8212- & gtextraterrestrial & # 8212 & # 8212 & gtalien

hahahaaaaa! qual deus? não há nenhum deus!

Código Antigo, notícias falsas simplesmente não são o caminho. Faça sua lição de casa primeiro. Valeu

e isso é o que eu tenho dito o tempo todo e tem sido escondido de nós com a religião, desculpe, mas é a verdade sempre disse que as pessoas deveriam ter o direito de conhecer o DNA e divulgar publicamente que todos nós temos nossa mente inclinada a ansiar pela verdade o que está em nós todos não irá embora é a nossa composição de seres humanos

Todo esse trabalho e planejamento para fazer um ser humano inteligente e estamos voltando à mente de macaco & # 8230

Esta é uma isca horrível para cliques na Internet. A verdadeira história deveria ser como os humanos são estúpidos.

então isso deve torná-lo estúpido porque você clicou na isca?

Não. É prudente que qualquer pessoa leia e avalie afirmações como esta. Deve-se sempre ter uma mente aberta. Considerando o quão selvagem é a reivindicação deste artigo, provavelmente seria seguro simplesmente pular o artigo. No entanto, ter uma mente aberta significa reservar um tempo para considerar até mesmo as reivindicações mais extravagantes; de vez em quando, tudo é possível em princípio. No entanto, nosso amigo aqui parece estar profundamente decepcionado com os resultados de sua investigação, assim como eu. Pesquisas pobres e compreensão insuficiente da ciência subjacente relevante deixaram meus sentidos de alfabetização em ciências formigando, e me disse que este é um artigo muito lixo.

Exatamente. Eu esperava um artigo revisado por pares. Acontece que essa história é, na verdade, de 2011, o que é ainda mais triste do que eu pensava inicialmente.

Qualquer pessoa que diga isso não entende minha declaração original. Nesse caso, a declaração está se referindo a você.

Ok, aqui está um grande pedaço da verdade .. qualquer mente racional que lê isto embora que vive a vida com a cabeça enterrada na areia definitivamente deveria se sentar antes de fazê-lo.
A verdade quando você abre sua mente além do ridículo e do medo e olha cada peça do quebra-cabeça, lembrando que obviamente cada uma seria tão importante quanto a última .. é que essas pessoas que vieram do céu (do céu, para cima ) os deuses sobre os quais todas as culturas antigas nos falam (os Elohim na Bíblia) criaram a humanidade à sua imagem e semelhança por meio de manipulação genética (gene eve, 4000+ defeitos genéticos, queimadura de sol, olhos, nascimento, OGM & # 8217s, plantas domesticadas e animais) com seu DNA e o DNA do primata mais evoluído do planeta na época (o pé grande foi mantido longe de nós hoje, nós sendo primatas, a razão da Bíblia, a história da criação e por que somos completamente diferentes de todas as outras espécies neste planeta com lugares inexplicáveis ​​em todo o mundo com até 2.000 toneladas de rochas cortadas levantadas e movidas em alinhamentos planetários, lugares que não podemos nem mesmo compreender, mas dizemos a nós mesmos que devemos tê-los construído).
Em seguida, educou a humanidade através dos tempos com a ajuda de vários mensageiros (profetas) com os quais eles fizeram contato. Cada mensageiro recebeu uma mensagem adequada ao nível de compreensão (razão para raças e por que podemos cruzar) vigente na época, com o objetivo principal de incutir princípios básicos de conhecimento e respeito da não violência. Uma vez que a humanidade atingiu um nível suficiente de compreensão científica, os Elohim (extraterrestres hoje, os deuses) decidiram se tornar mais visíveis em avistamentos de OVNIs para começar a nos convencer da realidade (a única razão real pela qual alguém pensa que é uma loucura é por causa dos filmes . O que são filmes.). O conhecimento é conhecido, mas foi suprimido através dos tempos nas sociedades secretas (os illuminati, aqueles com a luz ..com a verdade), a elite, o 1% controlando o mundo & # 8217s dinheiro privado controlado de forma privada .. (por que todos os presidentes são parentes por sangue) .. O dinheiro que controla e financia tudo que você pode pensar, mas especialmente nossa educação e informação .. Eles admitem abertamente por meio dos maçons porque sabem que somos todos muito ignorantes para entender e colocar juntos que Lúcifer é de fato Deus .. Nós pensamos que os lucíferos são um demônio vermelho que vive no subsolo com chifres por algum motivo & # 8230 pesquise o que Lúcifer significa em latim .. (o portador da luz .. portador da verdade) E é daí que vem o satanismo e a razão pela qual eles o ostentam em todos os lugares através do dinheiro, indústria musical, símbolos, arquitetura, em todos os lugares quando você comece a procurar. Isso é apenas um pedaço, a ponta do iceberg .. Mesmo que já seja incompreensível. É necessário que as pessoas percebam a verdade por causa da importância e do que de fato está vindo, bom ou ruim. Não estou 100% certo, é por isso que procuro conversas inteligentes na maioria das vezes & # 8230 tento descobrir .. Ao deixar de prepará-lo, você está se preparando para o fracasso.
Algumas pistas muito grandes apontam para que a elite tenha sido exterminada por causa de todo o mal e do sofrimento que eles causaram e todas as mentiras que eles disseram .. poderíamos acabar vendo uma idade de ouro alucinante .. Mas no ao mesmo tempo, também há pistas muito grandes de que a guerra bíblica para acabar com todas as guerras está / pode estar muito perto. Pistas que apontam para esta elite que nos faz propositalmente todos maus aos olhos de nossos criadores (razão da evolução melhor dos melhores , caça sem razão alguma, guerra e, definitivamente, ignorância) e nos colocamos horrorizados até mesmo com a ideia de alienígenas, então quando eles aparecem para ajudar sua criação extremamente confusa, enlouquecemos, matamos uns aos outros, roubamos tudo e apenas filmar assim que aparecerem, porque estamos sendo informados para & # 8230 pelas pessoas nos matando e mentindo para nós (assista ao filme Thrive). Novamente olhe para as pistas e perceba que isso é muito grande e eu estou aqui sempre morrendo de vontade de ter uma conversa inteligente de terráqueos com terráqueos .. Bíblia- Adam não é um nome em hebraico, é um idioma diferente, lembre-se .. literalmente significa terra, o Adão o terreno. Elohim (os deuses) disse que NÓS façamos o Adão (o terreno) em NOSSA imagem conforme NOSSA semelhança. Se você inventasse uma história de dez minutos, alinhasse 100 pessoas e contasse a primeira da fila, essa seria a sua história quando pedir à última pessoa que a contasse? Não & # 8230Agora misture idiomas diferentes lá também. Como nós desacreditamos a peça mais antiga da literatura apenas por causa desse fato, está além da minha compreensão. A Bíblia passou por tanto tempo por tantas pessoas e suas linguagens que a lógica e o pensamento racional diriam agora que obviamente estaria completamente distorcida. Mas embora a lógica e o pensamento racional nos digam isso, também nos dizem que os primeiros estariam muito mais próximos da verdade. Se eu lhe pedisse para alinhar qualquer outro animal de sua espécie, o quanto você poderia diferenciar cada um deles? Uma linha preta carrega uma linha de cervos de cauda branca uma linha de qualquer outra coisa .. Alinhe uma linha de pessoas em qualquer momento da história e a menos que você pense que todos parecíamos exatamente iguais em um ponto .. todos parecemos completamente diferentes. Engraçado que toda cultura antiga diz claramente que os deuses que desceram e nos criaram quase não são diferentes. Feito à sua imagem e à sua semelhança. Tudo o que alguém realmente precisa fazer é chegar à simples e óbvia compreensão de que as pessoas há 5000 anos não pensavam ou falavam como fazemos hoje & # 8230 Pesquise som, frequência, ressonância e vibração tendo em mente que Nicola Tesla & # 8217s trabalham e são muito importantes citação- se você quiser entender o universo pense em frequência de energia e vibração .. (ou logo depois de ler isto vá assistir aquele documentário de frequência de 30 minutos geometria Sônica a linguagem de frequência e forma) Então pesquise Átomos e o fato de que TUDO é feito dos átomos .. e que os átomos estão em vibração constante .. emitindo frequência & # 8230 Então volte para aquela Bíblia que tantos erraram ou apenas chame-a de louca e leia- No começo havia a palavra (som, frequência, vibração ), e essa palavra (vibração de frequência do som) é Deus & # 8230 Se você & # 8217ve leu até aqui e isso não simplesmente explodiu sua mente, então eu & # 8217 sinto muito, porque isso significa nada além de objetos materiais.
Ria o quanto quiser e seja a verdade .. Por mais tortuosa que seja .. A história é muito mais louca e muito mais interessante do que nós estamos sendo levados a & # 8220crever & # 8221 .. Intencionalmente!
Mais uma vez, a conferência de energia revolucionária de 2012, é de apenas duas horas, então se for tão louca, quanto mal poderia fazer para assistir? O cara pode explicar muito melhor do que eu jamais serei capaz .. ou se é para mim dizer passar as duas horas ouvindo a pessoa mais lógica que eu encontrei neste tempo em que estamos morando .. Filme chamado Uma Noite com Lloyd Pye. Ou por causa da importância de aprender a história verdadeira, os livros de Zecharia Sitchin & # 8217s The Earth Chronicles. O cara passou a vida inteira procurando a verdade que fizesse sentido, sem nenhuma besteira atrapalhar. A verdade que o fará perceber que nem a evolução nem Deus estão errados, ambos estão certos, nós sempre entendemos errado.

Trey Smith tem muito conhecimento sobre isso também e um monte de vídeos no tubo, ele se torna muito técnico sobre isso


Representação de cadeia na versão do DNA do Código Genético - Biologia

Esta página, que examina a estrutura do DNA, é a primeira de uma sequência de páginas que mostra como o DNA se replica (faz cópias de) a si mesmo e, em seguida, como as informações armazenadas no DNA são usadas para fazer moléculas de proteína. Este material é destinado a jovens de 16 a 18 anos química alunos. Se você estiver interessado nisso do ponto de vista biológico ou bioquímico, pode achar estas páginas uma introdução útil antes de obter mais informações em outro lugar.

Observação: Se você está fazendo biologia ou bioquímica e está interessado em mais detalhes, pode baixar um arquivo pdf muito útil sobre DNA da Biochemical Society.

Estudantes de química no nível A do Reino Unido (ou seus vários equivalentes) devem não perder tempo com isso. O livreto foi escrito para alunos de nível A de biologia e apresenta muito mais detalhes do que você precisará para fins de química.

Uma rápida olhada em toda a estrutura do DNA

Hoje em dia, a maioria das pessoas conhece o DNA como uma molécula complexa que carrega o código genético. A maioria também já ouviu falar da famosa dupla hélice.

Vou começar com um diagrama de toda a estrutura e depois desmontá-lo para ver como tudo se encaixa. O diagrama mostra uma pequena porção de uma dupla hélice de DNA.

Observação: Este diagrama vem da US National Library of Medicine. Você pode vê-lo em seu contexto original clicando neste link se estiver interessado.

Normalmente eu prefiro desenhar meus próprios diagramas, mas meu software de desenho não é sofisticado o suficiente para produzir & quotribbons & quot torcidos convincentes.

Explorando uma cadeia de DNA

Os açúcares na espinha dorsal

A espinha dorsal do DNA é baseada em um padrão repetido de um grupo de açúcar e um grupo de fosfato. O nome completo do DNA, ácido desoxirribonucléico, dá a você o nome do açúcar presente - desoxirribose.

A desoxirribose é uma forma modificada de outro açúcar chamado ribose. Vou dar a você a estrutura disso primeiro, porque você vai precisar disso mais tarde de qualquer maneira. A ribose é o açúcar da espinha dorsal do RNA, o ácido ribonucléico.

Este diagrama omite os átomos de carbono no anel para maior clareza. Cada um dos quatro cantos onde não há um átomo mostrado tem um átomo de carbono.

As linhas mais pesadas estão saindo da tela ou do papel em sua direção. Em outras palavras, você está olhando para a molécula um pouco acima do plano do anel.

Então isso é ribose. A desoxirribose, como o nome pode sugerir, é a ribose que perdeu um átomo de oxigênio - "desoxirribose".

A única outra coisa que você precisa saber sobre a desoxirribose (ou ribose, nesse caso) é como os átomos de carbono no anel são numerados.

O átomo de carbono à direita do oxigênio, conforme desenhamos o anel, recebe o número 1, e então você trabalha ao redor do carbono no CH2Grupo lateral OH, que é o número 5.

Você notará que cada um dos números tem um pequeno traço - 3 'ou 5', por exemplo. Se você tivesse ribose ou desoxirribose sozinhas, isso não seria necessário, mas no DNA e no RNA esses açúcares estão ligados a outros compostos do anel. Os carbonos nos açúcares recebem pequenos traços para que possam ser distinguidos de quaisquer números dados aos átomos nos outros anéis.

Você lê 3 'ou 5' como & quot3-prime & quot ou & quot5-prime & quot.

Anexando um grupo fosfato

A outra parte repetida da estrutura do DNA é um grupo fosfato. Um grupo fosfato é ligado à molécula de açúcar no lugar do grupo -OH no carbono 5 '.

Observação: Você pode encontrar outras versões deste com vários graus de ionização. Você pode encontrar um hidrogênio anexado em vez de ter uma carga negativa em um dos oxigênios, ou o hidrogênio removido do grupo -OH superior para deixar um íon negativo lá também.

Eu não quero ficar atolado nisso. A versão que estou usando é adequada para fins químicos e tornará mais fácil ver como a estrutura do DNA é formada. Em breve vamos simplificar tudo isso de qualquer maneira!

Colocando uma base e fazendo um nucleotídeo

A peça final que precisamos adicionar a essa estrutura antes de construirmos uma fita de DNA é uma das quatro bases orgânicas complicadas. No DNA, essas bases são citosina (C), timina (T), adenina (A) e guanina (G).

Observação: Eles são chamados de "bases" porque é exatamente o que são em termos químicos. Eles têm pares isolados de nitrogênios e, portanto, podem atuar como doadores de pares de elétrons (ou aceitar íons de hidrogênio, se você preferir a definição mais simples). Isso não é particularmente relevante para sua função no DNA, mas, de qualquer maneira, elas são sempre chamadas de bases.

Essas bases se ligam no lugar do grupo -OH no átomo de carbono 1 'no anel de açúcar.

O que produzimos é conhecido como um nucleotídeo.

Agora precisamos dar uma olhada rápida nas quatro bases. Se você precisar deles em um exame de química neste nível, as estruturas quase certamente serão fornecidas a você.

Aqui estão suas estruturas:

Os átomos de nitrogênio e hidrogênio mostrados em azul em cada molécula mostram onde essas moléculas se unem à desoxirribose. Em cada caso, o hidrogênio é perdido junto com o grupo -OH no átomo de carbono 1 'do açúcar. Esta é uma reação de condensação - duas moléculas se juntando com a perda de uma pequena (não necessariamente água).

Por exemplo, aqui está a aparência do nucleotídeo contendo citosina:

Observação: Virei a citosina horizontalmente (em comparação com a estrutura da citosina que forneci anteriormente) para que ela se encaixe melhor no diagrama. Você deve estar preparado para girar ou inverter essas estruturas, se necessário.

Unindo os nucleotídeos em uma fita de DNA

Uma fita de DNA é simplesmente uma cadeia de nucleotídeos unidos. Posso mostrar como isso acontece perfeitamente bem voltando a um diagrama mais simples e não me preocupando com a estrutura das bases.

O grupo fosfato em um nucleotídeo se liga ao átomo de carbono 3 'no açúcar de outro. No processo, uma molécula de água é perdida - outra reação de condensação.

. . . e você pode continuar a adicionar mais nucleotídeos da mesma maneira para construir a cadeia de DNA.

Agora podemos simplificar tudo isso ao essencial!

Observação: Você notará que desenhei as ligações P-O ligadas às duas moléculas de açúcar opostas uma à outra no diagrama acima. Você também encontrará diagramas onde eles são desenhados em ângulos retos entre si. Qual é certo?

Ambos estão certos e, igualmente, ambos são enganosos! A forma das ligações em torno do átomo de fósforo é tetraédrica e todas as ligações têm aproximadamente 109 graus entre si. Seja qual for a maneira que você escolher para desenhar isso em 2 dimensões no papel, ainda representará a mesma molécula na realidade.

Para dar um exemplo mais simples, se você desenhar uma fórmula estrutural para CH2Cl2 usando a notação de ligação simples, você poderia igualmente desenhar os átomos de cloro em ângulos retos entre si ou opostos. A molécula ainda seria exatamente a mesma. Esta é uma das coisas que você teve que aprender quando começou a desenhar estruturas para moléculas orgânicas. Se você ainda não tem certeza sobre isso, consulte novamente a página sobre desenho de moléculas orgânicas.

Construindo uma cadeia de DNA concentrando-se no essencial

O que importa no DNA é a sequência que as quatro bases assumem na cadeia. Não estamos particularmente interessados ​​no backbone, então podemos simplificar isso. Por enquanto, também podemos simplificar as estruturas precisas das bases.

Podemos construir a cadeia com base nesta simplificação bastante óbvia:

Há apenas um ponto de confusão possível aqui - e isso se relaciona a como o grupo fosfato, P, é anexado ao anel de açúcar. Observe que ele é unido por meio de dois linhas com um ângulo entre eles.

Por convenção, se você desenhar linhas como esta, haverá um átomo de carbono onde essas duas linhas se juntam. Esse é o átomo de carbono no CH2 grupo se você consultar um diagrama anterior. Se você tivesse tentado anexar o fosfato ao anel por uma única linha reta, esse CH2 o grupo teria se perdido!

Juntar muitos deles dá a você uma parte de uma cadeia de DNA. O diagrama abaixo é um pouco do meio de uma cadeia. Observe que as bases individuais foram identificadas pelas primeiras letras dos nomes das bases. (A = adenina, etc.). Observe também que existem dois tamanhos diferentes de base. A adenina e a guanina são maiores porque ambas têm dois anéis. A citosina e a timina possuem apenas um anel cada.

Se o topo desse segmento fosse o fim da cadeia, o grupo fosfato teria um grupo -OH ligado à ligação sobressalente em vez de outro anel de açúcar.

Da mesma forma, se a parte inferior desse segmento da cadeia fosse o fim, a ligação sobressalente na parte inferior também seria para um grupo -OH no anel de desoxirribose.

Unindo as duas cadeias de DNA

A importância dos & quotpareamentos básicos & quot

Dê uma outra olhada no diagrama de onde começamos:

Se você olhar atentamente para isso, verá que uma adenina em uma cadeia está sempre emparelhada com uma timina na segunda cadeia. E uma guanina em uma cadeia está sempre emparelhada com uma citosina na outra.

Então, como isso funciona exatamente?

A primeira coisa a notar é que uma base menor sempre está emparelhada com uma maior. O efeito disso é manter as duas cadeias a uma distância fixa uma da outra ao longo de todo o caminho.

Mas, mais do que isso, o emparelhamento tem que ser exatamente . . .

pares de adenina (A) com timina (T)

guanina (G) emparelha-se com citosina (C).

Isso ocorre porque esses pares específicos se encaixam exatamente para formar ligações de hidrogênio muito eficazes entre si. São essas ligações de hidrogênio que mantêm as duas cadeias juntas.

Os pares de bases se encaixam da seguinte maneira.

Se você tentar qualquer outra combinação de pares de bases, eles não servirão!

Observação: Se as estruturas o confundem à primeira vista, é porque as moléculas tiveram que ser invertidas da maneira como foram desenhadas acima para que se encaixem. Certifique-se de entender como fazer isso. Contanto que você recebesse as estruturas das bases, você poderia ser solicitado a mostrar como elas se ligam de hidrogênio - e isso incluiria mostrar os pares solitários e a polaridade dos átomos importantes.

Se a ligação de hidrogênio o preocupa, siga este link para obter explicações detalhadas. Use o botão VOLTAR do seu navegador para voltar aqui mais tarde.

Uma estrutura final para o DNA mostrando as partes importantes

Observação: Você deve ter notado que encurtei as cadeias em um par de base em comparação com o diagrama anterior. Não há nenhuma razão sofisticada para isso. O diagrama ficou um pouco grande demais para minha largura normal de página e era muito mais fácil cortar um pouco da parte inferior do que retrabalhar todos os meus diagramas anteriores para torná-los um pouco menores! Este diagrama representa apenas uma pequena parte de uma molécula de DNA de qualquer maneira.

Observe que as duas correntes correm em direções opostas, e a corrente da direita está essencialmente de cabeça para baixo. Você também notará que rotulei as extremidades desses pedaços de cadeia com 3 'e 5'.

Se você seguir a cadeia da esquerda até o final, no topo, terá um grupo fosfato ligado ao carbono 5 'no anel de desoxirribose. Se você seguiu todo o caminho até a outra extremidade, você teria um grupo -OH ligado ao carbono 3 '.

Na segunda cadeia, a extremidade superior tem um carbono 3 'e a extremidade inferior um 5'.

Essa notação 5 'e 3' torna-se importante quando começamos a falar sobre o código genético e os genes. O código genético nos genes é sempre escrito na direção 5 'para 3' ao longo de uma cadeia.

Também é importante quando olhamos de forma simplificada como o DNA faz cópias de si mesmo na próxima página. . .

Perguntas para testar sua compreensão

Se este for o primeiro conjunto de perguntas que você fez, leia a página introdutória antes de começar. Você precisará usar o BOTÃO VOLTAR do seu navegador para voltar aqui depois.


Pesquisadores das várias estruturas da cromatina e processos de reparo de DNA adotaram recentemente abordagens nas quais medições globais da expressão gênica e do proteoma podem ser combinadas com a triagem de mutantes de sensibilidade em todo o genoma para desenvolver uma visão integrada de como as células respondem e se protegem contra o DNA agentes prejudiciais. A imagem emergente desses estudos genômicos globais é bastante diferente do conceito anterior de reparo de DNA, controle do ciclo celular e indução de apoptose como processos independentes. Na verdade, esses processos parecem formar uma rede totalmente integrada. A integração dessas medições de todo o genoma permite o desenvolvimento de modelos específicos de redes de resposta que não poderiam ter sido detectados ou discernidos anteriormente.

DNAtráfego O banco de dados é a primeira plataforma para a biologia de sistemas de integridade do DNA durante a vida celular, e também pode estar integralmente envolvido na pesquisa translacional (18). Isso inclui a identificação de inibidores de pequenas moléculas de novas vias de resposta a danos no DNA (DDR) que colocam uma nova luz sobre as causas do câncer ou têm usos potenciais no tratamento.

DNAtráfego contém um número significativo de dados. Conforme destacado ao longo deste artigo, inúmeras melhorias foram feitas na quantidade, qualidade, profundidade e organização das informações fornecidas. DNAtráfego contém redes de DNA ilustradas nos dados e imagens de células, proteínas, danos e estruturas de drogas. DNAtráfego também oferece links de banco de dados expandidos. Espera-se que o DNAtráfego continuará a se desenvolver para atender às necessidades de seus usuários e fornecer um recurso de metabolismo de DNA cada vez mais útil e rico em informações.


Assista o vídeo: Nośnik informacji genetycznej-DNA. Biologia klasa 8 (Novembro 2021).