Em formação

O significado de “hits não primários” e “tags”


Posso pedir que você ajude a entender o significado de "hits não primários" e "tags" no seguinte parágrafo relacionado ao RSeQC:

A tabela de resultados relata o número total de leituras (excluindo acessos não primários) e tags (fragmentos de emenda separados de uma leitura). O total de tags atribuídas indica quantas tags podem ser atribuídas inequivocamente às dez categorias diferentes listadas abaixo.

Total de leituras 49743155
Total Tags 63012643
Total de tags atribuídas 57529077
= = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = =
Grupo Total_bases Tag_count Tags / Kb
CDS_Exons 36821030 34763281 944.11
5'UTR_Exons 34901580 2856644 81,85
3'UTR_Exons 54908278 9772738 177,98
Introns 1450606807 8468986 5,84
TSS_up_1kb 31234456 94103 3.01
TSS_up_5kb 139129272 161914 1,16
TSS_up_10kb 249300845 217980 0,87
TES_down_1kb 32868738 789703 24,03
TES_down_5kb 142432117 1368378 9,61
TES_down_10kb 251276738 1449448 5,77
= = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = =


"tag" é um termo estranho neste contexto. Costumava significar "ler", mas RSeQC gosta de usá-lo de uma maneira estranha. Suponha que você tenha uma leitura que se alinhe a um único trecho contíguo (embora possivelmente com InDels) de DNA. Isso contaria como uma tag. Suponha, em vez disso, que você tenha uma leitura emendada, em que parte se alinha a um exon e parte a outro exon. Cada parte alinhada dessa leitura conta separadamente como uma tag. Portanto, essa 1 leitura se torna 2 tags. Por extensão, se você tiver uma leitura que é combinada de forma que comece no exon 1, salte para o exon 2 e, finalmente, salte para o exon 3, então contará como 3 tags. Isso só é útil se você estiver interessado em emendas, pois quanto mais alto esse valor, melhor você consegue discernir as diferenças.

Para "acertos não primários", suponha que você tenha uma leitura que pode se alinhar igualmente bem a vários lugares no genoma. Se houver 5 alinhamentos igualmente bons, 4 deles serão rotulados como "secundários" e um deles não, que é o "alinhamento primário". "acertos não primários" é então uma maneira estranha de dizer "alinhamentos secundários". O número de alinhamentos primários é igual ao número de leituras que alinham.


Assista o vídeo: Rap do Jason Sexta-Feira 13 - A NOITE DE CAÇA COMEÇOU. NERD HITS (Novembro 2021).