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Representação matemática de "assinaturas gênicas"


De acordo com a definição da Wikipedia, "uma assinatura de gene é um grupo de genes em uma célula cujo padrão de expressão combinado é característico de um fenótipo biológico ou condição médica".

Embora a definição acima seja muito útil para entender o conceito, estou procurando uma definição "mais prática" ou, melhor, uma representação matemática (por exemplo, um vetor) de assinaturas de genes. Daí minha pergunta.


Existem definições matemáticas de "assinatura do gene". Por favor, dê uma olhada no material suplementar de Subramanian et al. PNAS 2005, um dos primeiros artigos sobre "assinaturas de genes", e um método e ferramenta que ainda é comumente usado em pesquisa básica.

Observe que Subramanian et al. têm várias definições e que copiá-las aqui excederia o escopo desta página.


Não existe uma definição matemática de assinatura genética. Primeiro, dê uma olhada em Existe uma definição formal de assinatura da seleção natural ?. Conforme explicado, o termo assinatura genética é usado em um sentido muito amplo.

Existem vários processos para os quais se pode procurar uma assinatura deste processo. Essa assinatura pode assumir a forma de várias estatísticas. Por exemplo, uma estatística historicamente importante é o D de Tajima definido como

$$ D = frac { Pi - S / a} {SE} $$

, onde $ Pi $ é o número médio de diferenças entre pares entre dois haplótipos amostrados aleatoriamente, $ S $ é o número de locais segregantes, $ a = sum_i ^ {k-1} 1 / i $, onde $ k $ é o número de haplótipos amostrados. $ SE $ é o erro padrão para o numerador que tem uma formulação complicada (dê uma olhada em Tajima 1989 para mais informações).


Assista o vídeo: Tradução gênica: parte I (Novembro 2021).