Em formação

Como encontrar o nome do gene


Considerando a página kegg, esta página contém a descrição do gene Edwardsiella tarda EIB202: ETAE_0074. Agora, esse gene tem um nome dado na página como: wabG.
Agora, considerando outro gene 1 e outro gene 2, qual é o nome desses genes? Como encontro o nome desses genes e de qual site?


Nomes completos e símbolos oficiais do NCBI Gene são preferidos, embora & ldquoOther Aliases & rdquo sejam aceitos. Os Editores reconhecem que existem exceções a essas diretrizes, e estas serão consideradas caso a caso.

  • Sobrescritos ou subscritos (por exemplo, CB1, não CB1 ou CB 1 )
  • Hífens (por exemplo, TNFA, não TNF-A) uma exceção é Caenorhabditis elegans símbolos de gene
  • Letras gregas: revisar como equivalentes do alfabeto latino (por exemplo, TNFA, não TNF&alfa PPARG, não PPAR&gama)
  • Numerais romanos: revise como algarismos arábicos (por exemplo, ABCG1, não ABCGI)

Uma pesquisa de nomenclaturas: genes, ruas e estrelas

Para observadores humanos, o genoma é apenas o exemplo mais recente de uma vasta paisagem parcialmente compreendida de objetos a serem rotulados. Exploradores, cartógrafos, astrônomos e planejadores de cidades pioneiros enfrentaram uma tarefa semelhante, gerando nomenclaturas com uma variedade de coerência. Os nomes das ruas dentro das cidades fornecem uma boa analogia com os genes dentro das espécies. As cidades norte-americanas, por exemplo, muitas vezes compartilham um corpus de nomes de ruas conservados, alguns dos quais transmitem informações úteis (considere Church Street ou College Street). Isso se reflete na nomenclatura de bom senso de certos genes e proteínas "marcos" (por exemplo, aqueles para ribossomos) na maioria das espécies. Claro, é possível que os nomes percam o significado (embora a igreja tenha sido demolida, a Church Street permanece). Da mesma forma, alguns genes cujos nomes descrevem sua função, mais tarde, acabam por realizar uma atividade totalmente diferente.

Uma abordagem de planejamento central para nomear, tanto em cidades quanto em genes, é sensata, mas muitas vezes branda. Os genes em muitos organismos recém-sequenciados são nomeados de acordo com um sistema rigoroso (por exemplo, numeração sequencial de leitura aberta), assim como certas cidades mais novas aderem a um sistema racional (considere o plano de Pierre l'Enfant para Washington DC ou a grade numerada de Manhattan )

Na astronomia, os nomes dos corpos celestes primordiais - o Sol e a Lua - chegam até nós desde os tempos pré-históricos. As constelações foram nomeadas há vários milhares de anos com base em sua semelhança com animais e seres míticos. Astrônomos romanos ofereceram nomes de divindades para os planetas de acordo com suas características observadas. Essa nomenclatura foi suficiente até que telescópios cada vez mais poderosos revelassem faixas intermináveis ​​de objetos astrais para nomear. Consequentemente, a nomenclatura celestial evoluiu para um sistema pseudo-consistente de galáxias numeradas, estrelas e outros objetos. A bricolagem resultante de nomes astronômicos é paralela à encontrada na nomenclatura dos genes: um conjunto gerenciável de objetos centrais iniciais dá lugar a ondas de nomenclatura temática, até que a avalanche de novos genes trazida pelo sequenciamento em grande escala nos força a identificadores sistemáticos e suaves.


Biólogos encontram evidências do gene da migração em pássaros

Milhões de aves migratórias ocupam criadouros sazonalmente favoráveis ​​no Ártico, mas os cientistas sabem pouco sobre a formação, manutenção e futuro das rotas de migração das aves árticas e os determinantes genéticos da distância migratória. Em uma nova pesquisa, uma equipe multinacional de pesquisadores estabeleceu um sistema de migração em escala continental que usou o rastreamento por satélite para seguir 56 falcões-peregrinos (Falco peregrinus) de seis populações que se reproduzem no Ártico da Eurásia e sequenciaram os genomas de 35 pássaros de quatro dessas populações. Eles descobriram que um gene chamado ADCY8 está associado a diferenças populacionais na distância migratória.

Falcão peregrino marcado (Falco peregrinus) Crédito da imagem: Andrew Dixon.

“Estudos anteriores identificaram várias regiões genômicas candidatas que podem regular a migração & # 8212, mas nosso trabalho é a demonstração mais forte de um gene específico associado ao comportamento migratório já identificado”, disse o coautor Professor Mike Bruford, ecologista molecular da Escola de Biociências na Cardiff University.

Para o estudo, o professor Bruford e seus colegas marcaram 56 falcões-peregrinos do Ártico e rastrearam suas viagens por satélite, seguindo as distâncias de voo anuais e direções em detalhes.

“Os peregrinos iniciaram sua migração de outono principalmente em setembro, viajaram 2.280-11.002 km em cerca de 27 dias e chegaram às áreas de inverno principalmente em outubro”, disseram eles.

“Os peregrinos migram solitariamente, pássaros que partem de diferentes criadouros usam rotas diferentes e passam o inverno em locais amplamente distribuídos em quatro regiões distintas.”

“Aves individuais que foram rastreadas por mais de um ano exibiram forte repetibilidade do caminho durante a migração, fidelidade completa aos locais de inverno e dispersão reprodutiva limitada (5,37 km em média).”

“Todas as populações demonstraram um alto grau de conectividade migratória, o que sugere uma forte seleção para memória de longo prazo.”

Cinco rotas de migração para 56 falcões-peregrinos rastreados por satélite. Crédito da imagem: Gu et al., doi: 10.1038 / s41586-021-03265-0.

Os cientistas descobriram que os pássaros usavam cinco rotas de migração pela Eurásia, provavelmente estabelecidas entre a última Idade do Gelo, 22.000 anos atrás, e o Holoceno médio, 6.000 anos atrás.

Eles usaram o sequenciamento do genoma completo e encontraram um gene & # 8212 ADCY8, que é conhecido por estar envolvido na memória de longo prazo em outros animais & # 8212, associado a diferenças na distância migratória.

Eles descobriram que ADCY8 tinha uma variante em alta frequência em populações migrantes de longa distância (leste) de peregrinos, indicando que essa variante está sendo preferencialmente selecionada porque pode aumentar os poderes da memória de longo prazo considerada essencial para a migração de longa distância.

“Nosso trabalho é o primeiro a começar a entender como os fatores ecológicos e evolutivos podem interagir em aves migratórias”, disse o autor sênior Professor Xiangjiang Zhan, pesquisador do Instituto de Zoologia da Academia Chinesa de Ciências.

“Esperamos que sirva como base para ajudar a conservar as espécies migratórias no mundo”.

Os autores analisaram simulações do provável comportamento futuro da migração para prever o impacto do aquecimento global.

Se o clima aquecer na mesma taxa que nas últimas décadas, eles preveem que as populações de peregrinos na Eurásia ocidental têm a maior probabilidade de declínio populacional e podem parar de migrar por completo.

“Neste estudo, fomos capazes de combinar movimento animal e dados genômicos para identificar que a mudança climática tem um papel importante na formação e manutenção dos padrões de migração de peregrinos”, disse o professor Bruford.

Os resultados foram publicados na revista Natureza.

Z. Gu et al. Mudanças de rota aérea impulsionadas pelo clima e migração de longa distância baseada na memória. Natureza, publicado online em 3 de março de 2021 doi: 10.1038 / s41586-021-03265-0


Como obter a sequência promotora de um gene - (06 / mar / 2004)

[COLOR = roxo] Olá a todos & # 33
Sou um estudante italiano e estou começando a aprender algo sobre bioinformática e biologia molecular & # 33
Tenho um grande problema e não sei como encontrar uma solução & # 33
Tenho que encontrar a sequência completa do genoma dos genes TAF9 e TAF9L, tentei encontrá-los usando o site ncbi, mas (não sei por quê) não consegui encontrar nada exceto a sequência a partir do ponto em que a transcrição começa, mas preciso do que está antes deste ponto porque tenho que encontrar o promotor nesta região. Sem comentários & # 33 & # 33 & # 33 & # 33 & # 33
Estou em perigo se não os encontrar, por isso, se alguém puder me ajudar, por favoreeeeeeeeee diga-me como fazer & # 33 & # 33 & # 33 & # 33
Muito obrigado
dada

Para obter a sequência do genoma de seus genes, você pode começar a partir do loculink NCBI & # 39s:

Você também pode ir para Ensembl (http://www.ensembl.org) e pesquisar pelo nome do seu gene, depois de obter o seu gene, use o recurso de exportação de sequência para obter a sequência genômica ou sequências promotoras upstream.

Se você tiver mais perguntas, poste aqui.

Oi
Obrigado
Informação muito útil

Oi
mas como posso encontrar a sequência do genoma do gene da fosfoglicerato desidrogenase para sapo, rato, gato, oriza sativa ..
na página ncbi entrez como posso encontrar
como posso encontrar no conjunto
por favor, explique claramente
obrigado

Para obter a sequência do genoma de seus genes, você pode começar a partir do loculink NCBI & # 39s:


Como encontrar a região promotora de um gene para estudo de metilação - (Fev / 03/2005)

Estou tentando estimar a região do promotor desse gene para que eu possa fazer PCR específico para Meth no promotor ... a região do promotor desse gene não foi identificada positivamente ... mas a informação do exon é conhecida. Eu sou novo neste campo .. Alguém poderia me ajudar, de preferência usando instruções passo a passo, se possível.

Aqui está o que eu fiz para encontrar a sequência flanqueadora 5 & # 39 do seu gene:

1. Eu pesquisei o banco de dados de nucleotídeos do NCBI usando & quotgene name + promoter & quot ou & quotgene name + flanking & quot e não encontrei nenhum resultado.
2. Em seguida, acessei ensembl.org e encontrei o gene, cliquei em & quotExibir sequência genômica para este gene com exons destacados & quot e solicitei que exportasse a sequência de 1kb 5 & # 39.
3. Copiei a sequência 5 & # 39 e alimentei o methprimer para prever ilhas CpG. Felizmente, há uma ilha CpG próxima ao primeiro exon (veja a figura abaixo), o que significa que a sequência 5 & # 39 é provavelmente o promotor do gene.
4. Colei a sequência de volta no programa blastn do NCBI para ver se ela corresponde às sequências de promotores identificadas experimentalmente que eu poderia ter perdido na pesquisa de texto de nome de gene. Neste caso, não encontrei nenhum, o que significa que o promotor deste gene ainda não foi caracterizado. Você pode assumir com segurança que a sequência que obtive é a sequência regulatória 5 & # 39 e prosseguir com o mapeamento de metilação da ilha CpG identificada.

5 e # 39 Sequência de flanqueamento (o vermelho é o exon):

Previsão de ilha CpG (azul) e design de primer BSP

Muito obrigado & # 33 & # 33 Tenho mais uma pergunta .. Existe uma maneira de fazer isso usando o gateway Entrez? O problema é que meu chefe confia na ncbi mais do que qualquer outra coisa ... muito obrigado novamente & # 33

Você pode simplesmente explodir o banco de dados NCBI usando a sequência que recebi do ensembl. Tenho certeza de que esta sequência e a sequência de mRNA se alinharão com a mesma sequência genômica. Na verdade, todos os bancos de dados do genoma (ensembl, UCSC e NCBI) usam os mesmos dados e montagem, mas apresentam os dados de maneira diferente. ensembl fornece o melhor navegador de genoma.


Nos esportes, nos negócios ou na vida pessoal, a maneira como você reage ao estresse e à agressão pode estar em seus genes, ou pelo menos parcialmente. Vamos dar uma olhada em um ótimo documentário e a ciência por trás dele.

O comportamento humano é complexo e influenciado por nossos genes, nosso ambiente e nossas circunstâncias. Uma das variantes genéticas mais provocantes e frequentemente controversas foi apelidada de & # 8220Warrior Gene. & # 8221

Estudos ligaram o & # 8220Warrior Gene & # 8221 ao aumento da assunção de riscos e ao comportamento de retaliação. Homens com o & # 8220Warrior Gene & # 8221 não são necessariamente mais agressivos, mas são mais propensos a responder agressivamente ao conflito percebido.

Em 14 de dezembro de 2010, Explorer do National Geographic Channel: “Born to Rage?” documentário investigou a descoberta por trás de um único “gene guerreiro” diretamente associado ao comportamento violento.

Com o bullying e os crimes violentos ganhando as manchetes, essa descoberta controversa desperta o debate natureza versus criação. Agora, ex-roqueiro vencedor do Grammy, autor e locutor de rádio / televisão Henry Rollins sai em busca de portadores de origens diversas, às vezes violentas, que concordam em ser testados para a mutação genética. Quem tem o gene guerreiro? E todos são portadores de pessoas violentas? Os resultados viram as suposições de cabeça para baixo.

Um vocalista de uma banda de rock. Um piloto Harley com cicatrizes de bala. Um ex-membro de uma gangue de East L.A. Até mesmo um monge budista com um passado nada pacífico. Qual deles carrega o gene associado à violência? Uma descoberta extraordinária sugere que alguns homens nascem com um comportamento impulsivo e agressivo ... mas nem sempre é quem você pensa.

É um tópico muito debatido: natureza versus criação. Muitos especialistas acreditam que nossa educação e meio ambiente são as principais influências em nosso comportamento, mas até que ponto somos predispostos por nosso DNA? A descoberta de uma única variação genética que afeta apenas os homens, que parece desempenhar um papel crucial no controle da raiva, argumenta que a natureza pode ter uma influência muito maior no comportamento. É esse gene encurtado de baixo funcionamento ligado ao comportamento violento que se tornou conhecido como o "gene do guerreiro", e um terço da população masculina o possui.

Um desses homens, que se descreve como “bastante furioso o tempo todo” e concorda em ser testado para o gene com um simples cotonete, é Henry Rollins - um ex-garoto-propaganda da rebelião juvenil e da cena punk americana. Algumas de suas tatuagens são muito provocativas e socialmente ofensivas para mostrar.

Neste episódio especial do Explorer, ele mergulha em sua própria história de raiva e procura outras pessoas com comportamento agressivo de uma variedade de origens diferentes. “Se você consegue pensar em um fogão, e o piloto está sempre aceso, sempre pronto para acender os quatro bicos, sou eu, o tempo todo”, diz. “Estou sempre pronto para ir lá.”

Siga Rollins enquanto ele se encontra com ex-soldados de uma das gangues de rua mais violentas do leste de Los Angeles, lutadores do esporte ultraviolento de artes marciais mistas e motociclistas da Harley Davidson. Ele também falará com um veterano SEAL da Marinha e monges budistas cujas vidas nem sempre foram tão tranquilas.

Depois de aprender mais sobre o gene guerreiro, muitos dos homens acreditam que o possuem, o que pode explicar seu comportamento anterior. O sentimento deles imita Rollins quando ele diz: “Se eu descobrir que tenho o gene do guerreiro, isso seria interessante. Se eu descobrir que não, devo dizer, ficaria um pouco decepcionado. " À medida que a expectativa aumenta, esteja presente quando eles receberem o resultado surpreendente do teste.

Em seguida, o Explorer dá uma olhada no estudo original - em uma família com gerações de homens exibindo padrões de extrema agressão física - que levou o geneticista holandês Dr. Han Brunner à descoberta revolucionária desta rara disfunção genética. Também daremos uma olhada nas novas revelações de que os portadores do gene guerreiro são significativamente mais propensos a punir quando provocados. Em um estudo que tenta demonstrar isso, os sujeitos recebem permissão para aplicar punição a seu parceiro (que foi secretamente instruído a se tornar um estorvo), com resultados inesperados.

Para qualquer homem questionando seu guerreiro interior, um teste simples de cotonete está disponível no Family Tree DNA.

Quer saber quem, no documentário, tinha o gene do guerreiro? Bem, dica ... não era o motoqueiro ... embora sua senhora garantisse que ele sempre seria seu guerreiro. Mas eu não vou dizer a você quem tem. Tudo o que direi é que você ficará surpreso com o resultado. O link para assistir ao vídeo está abaixo. Aproveitar!

A ciência

Vamos dar uma olhada na ciência real por trás dessa mutação mais interessante e controversa.

O gene Warrior é uma variante do gene MAO-A no cromossomo X e é um dos muitos genes que desempenham um papel em nossas respostas comportamentais. A variante & # 8220Warrior Gene & # 8221 reduz a função no gene MAOA. Como os homens têm uma cópia do cromossomo X, uma variante que reduz a função desse gene tem mais influência sobre eles. As mulheres, tendo dois cromossomos X, são mais propensas a ter pelo menos uma cópia do gene funcionando normalmente, e os cientistas não estudaram as variantes em mulheres tão extensivamente.

Estudos recentes ligaram o gene Warrior ao aumento da aceitação de riscos e do comportamento agressivo. Seja em esportes, negócios ou outras atividades, os cientistas descobriram que os indivíduos com a variante do gene Warrior eram mais propensos a serem combativos do que aqueles com o gene MAO-A normal. No entanto, o comportamento humano é complexo e influenciado por muitos fatores, incluindo a genética e nosso ambiente. Indivíduos com o gene Warrior não são necessariamente mais agressivos, mas de acordo com estudos científicos, são mais propensos a ser agressivos do que aqueles sem a variante Warrior Gene.

Este teste está disponível para homens e mulheres, no entanto, há pesquisas limitadas sobre a variante do gene Warrior entre as mulheres. Detalhes adicionais sobre a variante genética do gene Warrior da MAO-A podem ser encontrados no artigo intitulado "Um polimorfismo funcional no promotor do gene da monoamina oxidase A" por Sabol et al, 1998.

Ao testar o gene Warrior, procuramos a ausência de MAOA (monoamina oxidase A) nos cromossomos X. Com base em quantas vezes vemos a repetição de um certo padrão no X ou Xs, podemos dizer se o MAOA está presente ou ausente (esgotado). Três repetições do padrão indicam que o cromossomo X é deficiente de MAOA e, portanto, você tem o gene do guerreiro. Se virmos 3,5, 4 ou 5 repetições do padrão, MAOA está presente e esta é uma variante normal do gene em seu cromossomo X.

No entanto, as mulheres têm 2 cromossomos X, enquanto os homens têm 1 X e 1 Y. Como mencionado acima, o gene é transportado no cromossomo X, então as mulheres podem tê-lo 1) de forma alguma, 2) em apenas 1 X (portanto, fazendo eles um portador), ou 3) em ambos os Xs (exibindo a característica).

Olhando para os resultados, com um cromossomo X, os homens com o & # 8220Warrior Gene & # 8221 mostrarão um valor de 3. Outros homens terão variantes normais: 3,5, 4, 4,5 ou 5. Com dois cromossomos X, as mulheres terão dois resultados. Por exemplo, uma mulher pode ter 3 e 3, 3 e 5 ou 4,5 e 5.

Este primeiro exemplo é de uma mulher com uma cópia da variante normal e uma cópia do Warrior Gene indicada por um valor 3.

No segundo exemplo, mostrado abaixo, esta fêmea tem o traço do Gene do Guerreiro, porque ela carrega o esgotamento do Gene do Guerreiro, mostrado como um valor de 3, em ambos os cromossomos, aquele contribuído para ela por seu pai e aquele contribuído para ela por sua mãe. Isso também nos diz que o pai dela tem o Gene Guerreiro, já que ele carrega apenas o cromossomo X fornecido por sua mãe, que ele deu para sua filha. Também nos diz que sua mãe era portadora, se ela tivesse apenas uma cópia que deu à filha, ou se ela própria tivesse o Gene do Guerreiro, se ela carregasse duas cópias.

Os resultados de um homem teriam apenas um resultado listado. Se ele tiver um valor de 3, ele tinha o Gene do Guerreiro. Qualquer outro valor NÃO é indicativo do gene Warrior.

Gene da felicidade nas mulheres

Em uma virada inesperada de eventos, em agosto de 2012, outro estudo na revista Progress in Neuro-Psychopharmacology & amp Biological Psychiatry indica que, embora esse gene possa se expressar como agressão em homens, pode ser o gene da felicidade nas mulheres. Mesmo as mulheres com apenas uma cópia do gene se mostraram mais felizes do que as mulheres que não carregam nenhuma cópia. Um estudo com 193 mulheres e 152 homens avaliou seu nível de felicidade e as mulheres que carregavam essa mutação em um ou ambos os cromossomos X se classificaram como significativamente mais felizes do que as mulheres que não carregavam essa característica. Não houve diferença nos participantes do sexo masculino.

Entre os muitos avanços e descobertas do DNA e da genética modernos estão as estranhezas & # 8216 científicas & # 8217. Essas maravilhas genéticas fazem parte da cultura popular e às vezes desenvolvem uma vida lá que ultrapassa em muito seu valor acadêmico. Mas eles são interessantes. Esses factóides são mais usados ​​como & # 8216conversa de coquetel & # 8217 ou talvez uma boa maneira de provocar o tio Leo no piquenique em família. O Family Tree DNA, onde você pode descobrir se tem o gene Warrior, o retrata para seus clientes como uma novidade.

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Estudo identifica novo gene 'oculto' no vírus COVID-19

Crédito: Pixabay / CC0 Public Domain

Os pesquisadores descobriram um novo gene "oculto" no SARS-CoV-2 - o vírus que causa o COVID-19 - que pode ter contribuído para sua biologia única e potencial pandêmico. Em um vírus que tem apenas cerca de 15 genes no total, saber mais sobre esse e outros genes sobrepostos - ou "genes dentro dos genes" - pode ter um impacto significativo em como combatemos o vírus. O novo gene é descrito hoje no jornal eLife.

"A sobreposição de genes pode ser uma das maneiras pelas quais os coronavírus evoluíram para se replicar com eficiência, impedir a imunidade do hospedeiro ou serem transmitidos", disse o autor Chase Nelson, pesquisador de pós-doutorado na Academia Sinica em Taiwan e cientista visitante no Museu americano de história natural. "Saber que genes sobrepostos existem e como eles funcionam pode revelar novos caminhos para o controle do coronavírus, por exemplo, por meio de drogas antivirais."

A equipe de pesquisa identificou ORF3d, um novo gene sobreposto no SARS-CoV-2 que tem o potencial de codificar uma proteína que é mais longa do que o esperado apenas pelo acaso. Eles descobriram que esse gene também está presente em um coronavírus pangolim previamente descoberto, talvez refletindo a perda ou ganho repetido desse gene durante a evolução do SARS-CoV-2 e vírus relacionados. Além disso, o ORF3d foi identificado de forma independente e demonstrou produzir uma forte resposta de anticorpos em pacientes com COVID-19, demonstrando que a proteína do novo gene é fabricada durante a infecção humana.

"Ainda não sabemos sua função ou se há significado clínico", disse Nelson. "Mas prevemos que é relativamente improvável que esse gene seja detectado por uma resposta de células T, em contraste com a resposta de anticorpos. E talvez isso tenha algo a ver com como o gene foi capaz de surgir."

À primeira vista, os genes podem parecer linguagem escrita no sentido de que são feitos de cadeias de letras (nos vírus de RNA, os nucleotídeos A, U, G e C) que transmitem informações. Mas, embora as unidades da linguagem (palavras) sejam discretas e não se sobreponham, os genes podem ser sobrepostos e multifuncionais, com informações criptografadas, dependendo de onde você começa a "ler". Genes sobrepostos são difíceis de detectar, e a maioria dos programas de computador científicos não foi projetada para localizá-los. No entanto, eles são comuns em vírus. Isso ocorre em parte porque os vírus de RNA têm uma alta taxa de mutação, então eles tendem a manter sua contagem de genes baixa para prevenir um grande número de mutações. Como resultado, os vírus desenvolveram uma espécie de sistema de compressão de dados em que uma letra em seu genoma pode contribuir para dois ou até três genes diferentes.

"A falta de genes sobrepostos nos coloca em risco de ignorar aspectos importantes da biologia viral", disse Nelson. "Em termos de tamanho do genoma, o SARS-CoV-2 e seus parentes estão entre os vírus de RNA mais longos que existem. Eles são, portanto, talvez mais propensos a 'truques genômicos' do que outros vírus de RNA."

Antes da pandemia, enquanto trabalhava no Museu como Gerstner Scholar em Bioinformática e Biologia Computacional, Nelson desenvolveu um programa de computador que rastreia genomas em busca de padrões de mudança genética que são exclusivos de genes sobrepostos. Para este estudo, Nelson juntou-se a colegas de instituições incluindo a Universidade Técnica de Munique e a Universidade da Califórnia, Berkeley, para aplicar este software e outros métodos à riqueza de novos dados de sequência disponíveis para SARS-CoV-2. O grupo espera que outros cientistas investiguem o gene que descobriram no laboratório para definir sua função e possivelmente determinar que papel ele pode ter desempenhado no surgimento do vírus pandêmico.


Sobre o GO

Declaração de missão: A missão do Consórcio GO é desenvolver um modelo computacional atualizado e abrangente de sistemas biológicos, desde o nível molecular até vias maiores, sistemas celulares e de nível de organismo.

O recurso Gene Ontology fornece uma representação computacional de nosso conhecimento científico atual sobre as funções dos genes (ou, mais apropriadamente, da proteína e das moléculas de RNA não codificantes produzidas por genes) de muitos organismos diferentes, de humanos a bactérias. É amplamente utilizado para apoiar a pesquisa científica e foi citado em dezenas de milhares de publicações.

Compreender a função do gene - como os genes individuais contribuem para a biologia de um organismo nos níveis molecular, celular e de organismo - é um dos principais objetivos da pesquisa biomédica. Além disso, o conhecimento experimental obtido em um organismo é frequentemente aplicável a outros organismos, particularmente se os organismos compartilham os genes relevantes porque os herdaram de seu ancestral comum. O Gene Ontology (GO), como um consórcio, começou em 1998 quando pesquisadores estudavam o genoma de três organismos modelo—Drosophila melanogaster (mosca da fruta), Mus musculus (mouse), e Saccharomyces cerevisiae (levedura de cerveja ou de padeiro) - concordou em trabalhar de forma colaborativa em um esquema de classificação comum para a função do gene, e hoje o número de diferentes organismos representados em GO está na casa dos milhares. GO torna possível, de uma forma flexível e dinâmica, fornecer descrições comparáveis ​​de genes homólogos e sequências de proteínas em todo o espectro filogenético.

GO também está no centro de um grande esforço para representar a vasta quantidade de conhecimento biomédico de uma forma computável. GO está ligado a muitas outras ontologias biomédicas e é uma base para pesquisas que aplicam a ciência da computação em biologia e medicina.

O GO oferece dois recursos principais:

  • o Vá em si: a estrutura lógica que descreve toda a complexidade da biologia, composta de 'classes' (muitas vezes referidas como 'termos') para os muitos tipos diferentes de funções biológicas, as vias que executam diferentes programas biológicos e as localizações celulares onde estas ocorrem e igualmente importantes, os diferentes tipos de relacionamentos específicos que indicam como cada uma dessas classes está relacionada a outras classes (mais informações sobre a Ontologia de Relações aqui).
  • O corpus de Anotações GO: as declarações rastreáveis ​​baseadas em evidências relacionadas a um produto genético específico (eu. e. uma proteína, um RNA não codificante ou um complexo macromolecular, ou gene para simplificar) a termos de ontologia específicos para descrever seu papel biológico normal.

Juntas, a ontologia e as anotações fornecem um modelo abrangente de sistemas biológicos. Atualmente, o GO inclui resultados experimentais de mais de 150.000 artigos publicados, representados como mais de 700.000 anotações com suporte experimental. Eles fornecem o conjunto de dados principal para inferência adicional de mais de 6 milhões de anotações funcionais para um conjunto diversificado de organismos que abrangem a árvore da vida.

Além dessa base de conhecimento central, os recursos do GO também incluem software para editar e realizar raciocínio lógico sobre as ontologias, acesso à ontologia e anotações na web e ferramentas analíticas que usam GO para apoiar a pesquisa biomédica.

Usos do GO e anotações

O recurso GO desempenha um papel essencial no apoio à pesquisa biomédica e foi usado em dezenas de milhares de estudos científicos. O uso mais comum das anotações GO é para a interpretação de experimentos de biologia molecular em grande escala, às vezes chamados de experimentos “ômicos”. Seja, genômica, transcriptômica, proteômica ou metabolômica, esses experimentos agrupam moléculas biológicas para obter informações sobre a estrutura, função e dinâmica de um organismo. A “análise de enriquecimento de ontologia genética” é usada para descobrir semelhanças ou diferenças estatisticamente significativas sob condições experimentais controladas alternativas.

Você pode explorar as publicações científicas que usaram o recurso Gene Ontology.

Financiamento

O GO Consortium é financiado pelo Instituto Nacional de Pesquisa do Genoma Humano (Institutos Nacionais de Saúde dos EUA), número de concessão HG002273.

Leituras adicionais sobre o recurso Gene Ontology

Para obter mais orientações e leituras, consulte as seguintes publicações:

Copyright © 1999-2021 Membro da Open Biological Ontologies Foundry O Gene Ontology Consortium é apoiado por uma bolsa P41 do National Human Genome Research Institute (NHGRI) [bolsa U41 HG002273]


Focado nas ciências da vida

No Departamento de Ciências Biológicas, você encontrará descobertas revolucionárias e uma educação capaz de mudar vidas, desde o nível molecular até o nível do ecossistema. Estamos focados em alguns dos desafios mais difíceis de nosso tempo - lutar contra o câncer, combater doenças infecciosas, desvendar as mudanças climáticas e dissecar como vemos, ouvimos e interagimos com o que nos cerca. Nossa pesquisa e bolsa de estudos mudam a vida das pessoas e do planeta.

Estudar e trabalhar em nossa comunidade acolhedora de cientistas da vida pode ser o primeiro passo para mudar sua vida. Você descobrirá que a pesquisa e as atividades acadêmicas estão interligadas à medida que o corpo docente cria e compartilha novos conhecimentos.

A pesquisa no Departamento de Ciências Biológicas contribui para o desenvolvimento da medicina personalizada, desvendando o funcionamento do cérebro humano, combatendo doenças infecciosas, entendendo genomas em níveis nunca antes imaginados e entendendo os complexos ecossistemas que mantêm nosso planeta saudável. Somos receptivos aos desafios que surgem repentinamente e precisam de atenção imediata & # 8211 porque nos preparamos persistentemente para os momentos em que nosso conhecimento pode mostrar o caminho.

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Acreditamos que a educação STEM e as carreiras devem ser inclusivas e acessíveis. Estamos profundamente comprometidos em orientar nossos alunos e ajudá-los a aplicar seus conhecimentos e desenvolver as habilidades necessárias para se tornarem líderes na força de trabalho científica.

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