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O Centro de Biologia Computacional

O Centro de Biologia Computacional (CCB) é um centro multidisciplinar dedicado à pesquisa em genômica, genética, tecnologia de sequenciamento de DNA e métodos computacionais para análise de sequências de DNA e RNA. O CCB reúne cientistas e engenheiros de várias áreas, incluindo engenharia biomédica, ciência da computação, bioestatística, genômica, genética, biologia molecular, física e matemática, todos os quais compartilham um interesse comum em obter uma melhor compreensão de como os genes e genomas afetam a biologia funções. Desenvolvemos e aplicamos tecnologia que usa dados de sequência para estudar uma ampla gama de questões, incluindo como os genes causam doenças, como os genes mudam em resposta a diferentes condições dentro da célula e como os genomas evoluem.

Além de seu programa de pesquisa, o CCB fornece expertise em bioinformática para departamentos e centros nas Faculdades de Medicina e Saúde Pública, por meio de um grupo de consultoria treinado nos mais modernos métodos computacionais para análise de sequências. Mais sobre o CCB. & raquo


Começando

A melhor maneira de começar com o docking é seguir o tutorial detalhado em nosso artigo da Nature Protocols: “Computational Ligand-Protein Docking and Virtual Drug Screening with the AutoDock Suite. Ele está disponível gratuitamente no PubMedCentral e também em um formato formatado por meio dos Nature Protocols. Certifique-se de baixar os arquivos suplementares, que incluem vários exemplos trabalhados que você pode experimentar. Este tutorial irá apresentá-lo a três programas com as principais funcionalidades do AutoDock:

  • AutoDockTools, a interface gráfica do usuário de que você precisará para preparar arquivos de coordenadas de ligante e proteína e para analisar os resultados, um programa de acoplamento simples de uma etapa que é eficaz para a maioria dos sistemas ligante-proteína
  • O AutoDock, com AutoGrid, realiza o acoplamento em duas etapas e oferece mais opções ajustáveis ​​pelo usuário para sistemas com desafios especiais.

Vários programas de acoplamento especializados estão disponíveis conforme você se familiariza com os sistemas de acoplamento e de encontro que requerem tratamento especial. Esses incluem:

    : um programa de docking computacional com alvos de proteína flexíveis, incluindo movimento de cadeia lateral e ajuste induzido: um programa para docking computacional de peptídeos para alvos de proteína.

Se você estiver interessado em triagem virtual, o Raccoon2 fornece uma interface gráfica de usuário dedicada para gerenciar coordenadas e encaixe, e analisar resultados.

Também criamos ferramentas especializadas para diferentes aspectos da preparação e análise de docking, como o software de previsão de sites de ligação AutoSite e AutoLigand.


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Projetos Genoma

Genoma
Genoma
Tamanho
Centro de Sequenciamento
(Tecnologia)
Montador
Transferências
Publicação
Sequoia sempervirens
(Sequóia costeira)
33 Gbp UC Davis (Illumina)
JHU (ONT)
MaSuRCA NCBI
CCB
Anúncio do projeto
Sequoia giganteum
(Sequóia gigante)
11 Gbp UC Davis (Illumina)
JHU (ONT)
MaSuRCA
Dovetail HiRise
NCBI
CCB
Anúncio do projeto
Pinus taeda
(Pinheiro Loblolly)
22 Gbp UC Davis (Illumina, PacBio) MaSuRCA Treegenesdb
CCB
Neale et al., Biologia Genômica 2014
Lomentospora prolificans
(Fungo patogênico)
37 Mbp JHU (Illumina)
JHU (ONT)
megahit
MaSuRCA
NCBI
CCB
Salzberg et al., G3 2017
Pinus lambertiana
(Pinheiro)
31 Gbp UC Davis (Illumina) MaSuRCA
SOAPdenovo
Treegenesdb
CCB
Stevens et al., Genética 2016
Pseudotsuga mensiesii
(Douglas Fir)
18 Gbp UC Davis (Illumina) MaSuRCA, SOAPdenovo Treegenesdb
CCB
Neale et al., G3 2017
Aegilops tauschii
(Grama de cabra)
4 Gbp UC Davis (Illumina, BioNano), JHMI (PacBio) MaSuRCA, DeNovoMAGIC NCBI
CCB
Zimin et al., Genome Research 2017
Luo et al., Natureza 2017
Triticum aestivum
(Trigo)
15 Gbp UC Davis (Illumina, PacBio) MaSuRCA NCBI
CCB
Zimin et al., GigaScience 2017
Quercus lobata
(Carvalho do vale)
750 Mbp UC Davis (Illumina, PacBio) MaSuRCA
Dovetail HiRise
NCBI
CCB
Sork et al., G3 2016
Juglans regia
(Noz inglesa)
620 Mbp UC Davis (Illumina), JHU (ONT) MaSuRCA NCBI
CCB
Martinez-Garcia et al., The Plant Journal, 2016
Juglans microcarpa
(Noz do Texas)
940 Mbp UC Davis (Illumina) MaSuRCA
SOAPdenovo
NCBI
CCB
Stevens et al., G3, 2018
Juglans cathayensis
(Noz chinesa)
800 Mbp UC Davis (Illumina) MaSuRCA
SOAPdenovo
NCBI
CCB
Stevens et al., G3, 2018
Pterocarya stenoptera
(Wignut chinês)
950 Mbp UC Davis (Illumina) MaSuRCA
SOAPdenovo
NCBI
CCB
Stevens et al., G3, 2018
Juglans hindsii
(Noz preta de Hind)
650 Mbp UC Davis (Illumina) MaSuRCA
SOAPdenovo
NCBI
CCB
Stevens et al., G3, 2018
Juglans nigra
(Páscoa nogueira preta)
645 Mbp UC Davis (Illumina) MaSuRCA
SOAPdenovo
NCBI
CCB
Stevens et al., G3, 2018
Juglans sigillata
(Nogueira de ferro)
645 Mbp UC Davis (Illumina) MaSuRCA
SOAPdenovo
NCBI
CCB
Stevens et al., G3, 2018
Macaco rhesus
(Macaque)
2,72 Gbp Baylor College of Medicine HGSC (Sanger, Illumina) MaSuRCA NCBI Zimin et al., Biology Direct 2014
Bombus impatiens
(Abelha oriental comum)
250 Mbp Universidade de Illinois (Illumina) SOAPdenovo NCBI
CCB
Sadd et al., Biologia Genômica 2015
Megachile rotundata
(Abelha cortadeira de alfafa)
275 Mbp Universidade de Illinois (Illumina) SOAPdenovo NCBI
CCB
Kapheim et al., Ciência 2015
Heliconius melpomene
(Borboleta tropical)
269 ​​Mbp Universidade Cornell (454 / Illumina) CABOG NCBI Heliconius Genome Consortium, Natureza 2012
Xanthomonas oryzae
(Xanthomonas)
4,8 Mbp Universidade Cornell (PacBio) HGAP
Celera Assembler, AMOS Minimo
NCBI Booher et al., Genômica Microbiana 2015
Meleagris gallopavo
(Peru doméstico)
1,2 Gbp Roche / VaTech (454), USDA / NIH (Illumina) MaSuRCA NCBI Dalloul et al., PLoS Biology 2010
Bos taurus
(Vaca doméstica)
2,9 Gbp Baylor College of Medicine HGSC (Sanger) Celera Assembler, UMD Overlapper NCBI
CCB
Zimin et al., Biologia Genômica 2009
Endossimbionte Wolbachia do mosquito Culex (Wolbachia) 1,5 Mbp TIGR, Broad Institute (Sanger) Celera Assembler NCBI Salzberg et al., J. Bacteriologia 2009
Francisella tularensis
(Francisella)
1,9 Mbp Baylor College of Medicine HGSC (Sanger) Celera Assembler NCBI Puiu e Salzberg, PLoS ONE 2008
Pseudomonas aeruginosa Pab1 (Pseudomonas) 6,3 Mbp CBCB (Illumina) AMOScmp
Veludo
NCBI
CCB
Salzberg et al., PLoS Comp. Biologia 2008
Xanthomonas oryzae PXO99A
(Xanthomonas)
5,2 Mbp TIGR (Sanger) Celera Assembler NCBI
CCB
Salzberg et al., BMC Genomics 2008
Carica mamão
(Mamão)
370 Mbp Universidade de Illinois (Sanger) Arachne NCBI Ming et al., Natureza 2008
Trichomonas vaginalis 176 Mbp TIGR (Sanger) Celera Assembler NCBI Carlton et al., Ciência 2007
Brugia malayi 94 Mbp TIGR (Sanger) Celera Assembler NCBI Ghedin et al., Ciência 2009
Caenorhabditis briggsae
108 Mbp Sanger Center (Sanger) Celera Assembler NCBI
CCB
Stein et al., PLoS Biol 2003
Tetrahymena thermophila 103 Mbp TIGR (Sanger) Celera Assembler www.ciliate.org
NCBI
Eisen et al., PLoS Biol 2006
Trypanosoma cruzi 90 Mbp TIGR (Sanger) Celera Assembler NCBI Najib et al., Ciência 2005
Drosophila pseudoobscura 164 Mbp Baylor College of Medicine HGSC (Sanger) Celera Assembler CCB
NCBI
Drosophila 12 Genomes Consortium et al., Natureza 2007
Drosophila yakuba 166 Mbp Washington University (Sanger) Celera Assembler NCBI
CCB
Drosophila 12 Genomes Consortium et al., Natureza 2007
Drosophila virilis 206 Mbp Agencourt Bioscience
TIGR (Sanger)
Celera Assembler NCBI Drosophila 12 Genomes Consortium et al., Natureza 2007

CALIBRAR e GAGE-B são avaliações de contiguidade e precisão de assemblies que são gerados por alguns dos assemblers de genoma mais comumente usados. GAGE-B (para montagens de organismos bacterianos) segue os padrões estabelecidos pela GAGE.

Endossimbiontes de drosófila (mosca da fruta)

As montagens dos genomas do endossimbionte foram realizadas com AMOScmp e podem ser obtidas a partir de:

Wolbachia endosymbiont of Drosophila annanasae - entrada do GenBank
Wolbachia endosymbiont of Drosophila simulans - entrada GenBank
Endossimbionte de Wolbachia de Drosophila willistoni - (contigs) (traceIDs)


Baixe artigos A / L, esquemas de marcação e relatórios de avaliação

Links atualizados: 11 de abril de 2017

O Departamento de Exames publicou Relatórios de Avaliação para os exames GCE A / L 2012, 2013, 2014. Agora você pode baixá-los aqui.

Esses relatórios incluem os seguintes detalhes:

Papel de exame para cada assunto
Esquema de marcação para cada assunto
Nº de candidatos prestados para exame, notas e análise de dados
Observação e conclusões sobre as respostas dos candidatos
Conselhos e sugestões sobre como escrever boas respostas para alunos e professores.


Isso é biologia: a ciência do mundo vivo

Até recentemente, a biologia era a enteada negligenciada da ciência, e muitas pessoas instruídas têm pouca compreensão de como a biologia explica o mundo natural. No entanto, para abordar as principais questões políticas e morais que enfrentamos hoje, devemos adquirir uma compreensão de suas raízes biológicas. Este novo livro magistral de Ernst Mayr irá longe para remediar esta situação. Uma testemunha ocular do avanço biológico implacável deste século e o criador de alguns de seus mais importantes

conceitos, Mayr é exclusivamente qualificado para oferecer uma visão da ciência que coloca a biologia firmemente no centro e uma visão da biologia que restaura a primazia do pensamento evolucionário holístico. Como ele argumenta de forma persuasiva, as ciências físicas não podem abordar muitos aspectos da natureza que são exclusivos da vida. Os organismos vivos devem ser compreendidos em todos os níveis de organização; eles não podem ser reduzidos às leis da física e da química. A abordagem de Mayr é revigorante em desacordo

com o pensamento reducionista que dominou a pesquisa científica no início deste século e ajudará a redirecionar a forma como as pessoas pensam sobre o mundo natural. This Is Biology também pode ser lido como uma "história de vida" da disciplina - de suas raízes na obra de Aristóteles, passando por sua dormência durante a Revolução Científica e seu florescimento nas mãos de Darwin, até seu crescimento espetacular com o advento de técnicas moleculares. Mayr mapeia a sobreposição territorial

entre biologia e humanidades, especialmente história e ética, e descreve importantes distinções entre ciência e outros sistemas de pensamento, incluindo teologia. Tanto como uma visão geral das ciências da vida e como a culminação de uma vida notável na ciência, This Is Biology recompensará ricamente tanto profissionais quanto leitores em geral

Item restrito de acesso verdadeiro Addeddate 2010-10-22 18:56:37 Bookplateleaf 0005 Boxid IA120815 Boxid_2 BWB220140928 Câmera Canon 5D City Cambridge, Mass. [U.a.] Doador alibris Edition 5. imprimir. Urn identificador externo: oclc: record: 1036954884 Bibliotecas Extramarc MIT Foldoutcount 0 Identificador thisisbiologysci00mayr Identifier-ark ark: / 13960 / t71v69b42 Isbn 067488468X
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Transferências

O esquema de nomenclatura SBC "Arquivo do site de calibração" segue o seguinte formato:

O APS normalmente disponibiliza raios-X por três meses a cada vez que cada ciclo de três meses é referido como uma "corrida" do APS. Entre as execuções do APS, há um período de paralisação de um mês, para permitir atualizações e manutenção do equipamento. A execução do APS abrange os meses de:

  • Fevereiro a abril APS Run_01
  • Junho a agosto APS Run_02
  • Outubro a dezembro APS Run_03

Um subdiretório é fornecido para cada conjunto de calibração usando a convenção de nomenclatura beamline_detector_APSrun:

  • o nome da linha de luz é 19BM ou 19ID
  • o nome do detector é Q210r ou Q315r
  • A execução APS é nomeada de acordo com a convenção de:
    • Ano de 4 dígitos (seguido por um sublinhado)
    • Número de execução de 2 dígitos (seguido por um sublinhado)
    • modo binning do detector (ou bin ou cheio)

    Por exemplo, diretório 19ID_Q315r_2014_02 contém o conjunto de arquivos de calibração para imagens coletadas em:

    Use seu navegador da web para baixar cada arquivo individual do conjunto de calibração que corresponde aos seus dados.

    CUIDADO: Os arquivos contêm uma combinação de dados ASCII e binários. Use um modo de download apropriado para acomodar isso.

    Os arquivos on-line representam os arquivos do site de calibração do ano fiscal anterior. Os arquivos anteriores do site são mantidos off-line. Para obter esses arquivos mais antigos ou se tiver alguma dúvida, entre em contato com a equipe da SBC.


    Grau

    COMO. Biologia O programa de Biologia (BIOL) é projetado principalmente para alunos que pretendem se transferir para qualquer curso relacionado à biologia em uma faculdade ou universidade de quatro anos ou para alunos que estão considerando a transferência para um programa de enfermagem ou pré-médico. O currículo é organizado de forma que os cursos sejam prontamente transferidos para o sistema UC e CSU. O programa dá aos alunos os créditos de transferência principais de biologia necessários, mas é flexível o suficiente para permitir que os alunos escolham e integrem áreas informais de ênfase, como um currículo pré-médico, biologia celular e molecular, biologia orgânica e recursos e biologia ambiental em uma biologia de divisão inferior individualizada e variada programa. Para obter mais detalhes, consulte o Catálogo do Feather River College.

    Biologia na Feather River College

    As aulas de biologia são pequenas (não mais do que 30 alunos) e o trabalho em grupo colaborativo é comum. Geralmente não há lista de espera!

    Muitas aulas de laboratório são externas e aproveitamos os recursos do campus, como o incubatório da faculdade.


    CNSB Relatórios anuais

    Nossa Pesquisa

    A saúde e o desenvolvimento humanos dependem de redes dinâmicas de interações físicas e funcionais entre as proteínas. No entanto, os detalhes dessas redes - como são formadas e como funcionam - são amplamente desconhecidos. Mais importante, e talvez surpreendentemente, ainda não está claro como essas redes funcionam mal em distúrbios como câncer, neurodegeneração ou doenças cardiovasculares.

    O CNSB visa promover a compreensão fundamental dos mecanismos moleculares que regem a saúde e o desenvolvimento humanos, a biologia celular básica e a função normal das proteínas. Uma vez que a interrupção das interações de proteínas é a base de muitas patologias, esses estudos também revelarão relações causais de doenças e alvos drogáveis, ajudando a avançar a medicina de precisão.

    Nosso time

    Uma equipe talentosa de pesquisadores do Centro está desenvolvendo e implantando métodos inovadores de "proteômica funcional". Esses métodos combinam bioquímica de proteínas, espectrometria de massa de precisão e genética molecular, juntamente com abordagens computacionais integrativas motivadas por estatísticas para caracterizar sistematicamente a miríade de interações de proteínas presentes no interior de células e tecidos.


    Diagrama de biologia e software de ilustração - Comece o desenho de biologia facilmente

    Biologia é a ciência natural que envolve o estudo da vida e dos organismos vivos. Diagramas e ilustrações de biologia são amplamente usados ​​na atividade científica e educacional para apresentar a estrutura física, composição química, função, desenvolvimento e evolução. O diagrama de biologia e o software de ilustração foram desenvolvidos para facilitar o desenho de sua biologia.

    Software de diagramas de biologia e ilustração

    Ampliado com solução de biologia profissional, este software de diagrama de biologia oferece um conjunto de ferramentas úteis para o desenho rápido e fácil de várias ilustrações e desenhos de biologia. Com o conjunto de ferramentas fáceis, mas eficientes, como grade, regras e guias, você pode facilmente girar, agrupar, alinhar, organizar os objetos, usar fontes e cores diferentes para tornar seu diagrama com uma aparência excepcional. Esse diagrama de biologia é mais claro e fácil de editar do que um desenhado à mão em uma folha de papel e beneficia muito no compartilhamento e na apresentação.

    Baixe o software de diagrama de biologia Edraw e veja como é rápido e fácil criar diagramas de biologia profissionais:

    Requisitos de sistema

    • Funciona no Windows 7, 8, 10, XP, Vista e Citrix
    • Funciona em Windows de 32 e 64 bits
    • Funciona no Mac OS X 10.2 ou posterior

    Símbolos de Diagrama de Biologia

    A biologia está intimamente e profundamente envolvida na vida diversificada que acontece todos os dias. O poderoso software de diagramas científicos fornece bibliotecas de quantidades de símbolos vetoriais relativos não apenas à biologia, mas também à física, química, equipamentos de laboratório, matemática e astronomia, etc. O uso de símbolos e ilustrações de qualquer uma das categorias ajuda a alcançar o domínio do assunto biologia por meio de um estudo compreensivo. Para os professores, usar esse software de diagrama de ciências pode definitivamente economizar tempo e melhorar a qualidade das aulas.

    Células Animais

    Células de plantas

    É preciso muito pouco esforço para personalizar os símbolos e ilustrações de biologia integrados com a ajuda de ferramentas de desenho em Símbolos aba. Jogar essas ferramentas em pleno uso torna a criação de diagramas de biologia fácil e eficiente.

    Recursos do software de diagrama de biologia

    • Suporte para inserir hiperlinks, anexos e notas com um clique.
    • Símbolos de biologia integrados abundantes e requintados e exemplos predefinidos.
    • Ferramentas básicas úteis para layout e alinhamento automáticos.
    • Arquivos gráficos vetoriais para conversão em uma variedade de formatos: imagem, HTML, SVG, arquivo PDF, arquivos do MS Office como PPT, Word, Excel e Visio, etc.
    • Ferramentas de desenho versáteis para editar elementos embutidos ou desenhar símbolos de biologia personalizados.

    Exemplos de diagramas de biologia

    Aqui estão alguns diagramas de biologia predefinidos de nosso software. Clique na imagem para baixar o vetor e encontrar mais exemplos de diagramas de biologia gratuitos para inspirar seu desenho de biologia. Mais ferramentas de desenho e operação de geometria são fornecidas para personalizar ilustrações biológicas para atender sua demanda.

    Leitura Adicional


    Assista o vídeo: Biology: Cell Structure I Nucleus Medical Media (Dezembro 2021).