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Existe um programa que simula a biologia em um nível molecular?


Existe um programa de computador que simula a biologia em um nível molecular? Software que possui regras que simulam as regras da biologia molecular?


Há um artigo recente que introduziu a primeira simulação de célula inteira em nível molecular.

Karr, J.R., Sanghvi, J.C., Macklin, D.N., Gutschow, M.V., Jacobs, J.M., Bolival, B., Assad-Garcia, N., Glass, J.I., & Covert, M.W. (2012). Um modelo computacional de célula inteira prevê o fenótipo a partir do genótipo. Célula 150: 389-401 DOI: 10.1016 / j.cell.2012.05.044

Os autores combinaram 28 submódulos diferentes de vários processos biológicos da literatura. Cada um opera no nível das macromoléculas, embora as modele de maneiras diferentes: algumas por EDOs, outras por lógica; alguns por abordagens baseadas em agentes. Se você quiser brincar, o código deles está disponível online e eu escrevi uma introdução / resumo básico do artigo.

Aqui estão algumas questões relacionadas ao bio.SE motivadas por esse modelo:


NAMD é um sistema de software de simulação molecular com uma extensa e ativa comunidade de pesquisadores

https://www-s.ks.uiuc.edu/Research/namd/

tem um pacote de visualização inteligente chamado VMD

https://www-s.ks.uiuc.edu/Research/vmd/


Assista o vídeo: Dogma Central da Biologia Molecular LEGENDADO ptBR (Janeiro 2022).